Депутаты заявляли о своих «нуждах и недостатках» на основании наказов от избирателей, но согласия среди них не было. Дворяне требовали ввести для них выборный суд, передать власть в губерниях и уездах в руки их сословных организаций, предоставить шляхетству исключительное право владеть крепостными рабочими на своих мануфактурах. Купцы же, наоборот, желали получить хотя бы часть дворянских привилегий — покупать к своим предприятиям «деревни» и получить монополию на торговую и промышленную деятельность. Но на это не соглашались ни крестьянские депутаты, ни представители дворян, чьи мужики разными промыслами добывали деньги для уплаты оброка.

Наказы государственных крестьян заполнены жалобами на малоземелье и захват угодий помещиками, заводчиками и своими же богатеями, на тяжесть податей и повинностей, на произвол судей. Дворянин Григорий Коробьин предложил законодательно определить объём работ и платежей крепостных крестьян, однако поддержки не получил. Шляхетские депутаты убеждали, что «крестьян своих берегут и любят», содержат их, как велит «долг власти отца или хозяина», а мужики не хотят хорошо работать из-за пьянства и лености.

На заседаниях так и не было принято ни одного решения — у большинства депутатов отсутствовал опыт законодательной деятельности, а социальные противоречия были слишком острыми. Под предлогом начавшейся Русско-турецкой войны Екатерина II в январе 1769 года распустила комиссию. Не успела завершиться тяжёлая война, как началась война крестьянская.

Осенью 1773 года на реке Яик (Урал) беглый донской казак Емельян Иванович Пугачёв объявил себя императором Петром III. Пока основные силы повстанцев осаждали Оренбург, другие отряды под предводительством башкира Салавата Юлаева, работных людей Афанасия Хлопуши и Ивана Белобородова, казака Ивана Чики-Зарубина захватили Кунгур, Красноуфимск, Самару, осадили Уфу, Екатеринбург, Челябинск; заняли ряд крепостей Яицкой укрепленной линии. К движению присоединялись башкиры, татары, калмыки, чуваши, марийцы.

В марте—апреле 1774 года правительственные войска разбили Пугачёва под Татищевой крепостью. Восставшие отступили на Урал, а оттуда двинулись к Казани и взяли её в июле 1774 года. В сражении под Казанью Пугачёв потерпел поражение и перешёл с полутысячным отрядом на правый берег Волги. Здесь у него вновь появилась армия из тысяч восставших крестьян. «Государь Пётр Фёдорович» жаловал крепостных «вольностью и свободою», землями, сенокосными угодьями, рыбными ловлями «без покупки и без оброку», освобождал «от податей и отягощениев», «чинимых от злодеев дворян». Восставшие казнили дворян и тех, кто отказывался признать их предводителя императором. Прасковья Лопатина сообщала знакомому о страшной участи таких помещиков: