Несмотря на борьбу придворных «партий» (Н. И. Панина, братьев Орловых, Г. А. Потёмкина), Екатерина сумела сделать работу своей «команды» эффективной и работоспособной. Она осуществляла продуманное обновление высшего звена государственного аппарата. Место «слова и дела» заняли более гибкие методы контроля над настроениями и намерениями элиты, хотя начальника Тайной экспедиции Сената «кнутобойцу» С. И. Шешковского императрица по-прежнему принимала во дворце. К концу царствования регулярным занятием Екатерины стало чтение перлюстрации иностранной и внутренней почты, в том числе переписки наследника. В столицах появились профессиональные информаторы, следившие за подозрительными, с точки зрения властей, фигурами. Казалось, даже дворцовые стены имеют уши. Весной 1789 года в пустом зале Зимнего дворца француз-волонтёр на русской службе граф Роже де Дама, наблюдая за маршем отправлявшихся на фронт гвардейских частей, произнёс: «Если бы шведский король увидел это войско, он заключил бы мир» — и был крайне удивлён, когда через два дня Екатерина напомнила ему эту фразу.

Больше не было полунезависимых органов, подобных Верховному тайному совету 1726—1730 годов или Кабинету министров Анны Иоанновны. Екатерининский Совет при высочайшем дворе не обладал самостоятельностью предшественников: императрица с помощью генерал-прокурора решала массу дел помимо него по докладам Сената, коллегий и других учреждений.

Екатерина была прагматична. Она не одобряла крепостничества и в первые годы правления осторожно высказывалась в пользу его смягчения. В «Записках» она отмечала: «Предрасположение к деспотизму... прививается с самого раннего возраста к детям, которые видят, с какой жестокостью их родители обращаются со своими слугами; ведь нет дома, в котором не было бы железных ошейников, цепей и разных других инструментов для пытки при малейшей провинности тех, кого природа поместила в этот несчастный класс, которому нельзя разбить свои цепи без преступления. Едва посмеешь сказать, что они такие же люди, как мы, и даже когда я сама это говорю, я рискую тем, что в меня станут бросать каменьями... Я думаю, мало людей в России даже подозревали, чтобы для слуг существовало другое состояние, кроме рабства».

Но дворяне XVIII столетия искренне не представляли себе, как можно жить без крепостных, и императрица пошла им навстречу: в 1765 году помещики получили право ссылать крестьян на каторгу, а с 1767-го жалоба крепостного на помещика стала считаться уголовным преступлением. Так при Екатерине II завершилось формирование крепостного права: теперь по закону крепостного нельзя было только убить.