Александр I издал манифест, возвещавший о том, что общий враг Европы теперь угрожает отечеству, и отказался ратифицировать уже подписанный трактат «о мире и дружбе» с Францией; Синоду было предписано провозгласить анафему Наполеону — «твари, совестью сожжённой и достойной презрения», — который дошёл до того, что «проповедовал алкоран Магометов». Но и серия кровопролитных сражений в Восточной Пруссии завершилась поражением русских под Фридландом в Восточной Пруссии в июне 1807 года.

При отсутствии союзников (австрийцы воевать отказались, а англичане предпочитали действовать там, где у них были колониальные интересы) Александру I пришлось принять трудное решение. При встрече на плоту посреди Немана 25 июня (7 июля) 1807 года русский император обнял французского и не расставался с ним в течение нескольких дней: они вместе проводили смотры и учения, вели переговоры, обедали, а вечерами вели беседы о мировых делах или выходили прогуляться по ночным улицам прусского городка Тильзита. «Я был крайне им доволен! — написал Наполеон супруге Жозефине после первых встреч с царём. — Это молодой, чрезвычайно добрый и красивый император. Он гораздо умнее, чем думают».

Александр почтительно слушал Наполеона, восхищался его талантами и победами, ругал его врагов (Людовика XVIII назвал «самым ничтожным и пустым человеком в Европе», а про англичан заявил, что ненавидит их так же, как и сам Бонапарт). России пришлось заключить Тильзитский мир на условиях победителя, однако она не только не потеряла ни пяди земли, но и приобрела Белостокскую область. Императоры вступили в союз; при этом Александр признал право Наполеона распоряжаться германскими землями и созданным по его воле у российских границ Великим герцогством Варшавским. Присоединение к континентальной блокаде Англии вскоре привело к финансовому кризису, падению курса ассигнаций...

Однако, как показало дальнейшее развитие событий, Тильзитское соглашение позволило выиграть время, чтобы скопить силы. Александр, в отличие от негодующего общества, смотрел в будущее и в конечном счёте оказался прав. Наполеон же ошибался, считал Россию своим союзником в европейских делах («Я имею основание надеяться, что наш союз будет постоянным», — писал он министру иностранных дел Ш. М. Талейрану), а Александра — «младшим партнёром» в своей игре против Англии. Именно Англии была объявлена континентальная блокада, целью которой являлась изоляция английской экономики. Систематическое нарушение Россией блокады стало, наряду с соперничеством двух империй за влияние в Германии и на Ближнем Востоке, причиной похода «Великой армии» Наполеона в 1812 году. К тому же тариф 1810 года поднял на 50 процентов пошлины на импортные, в том числе французские товары. Александр отказался отдать в жёны Наполеону свою сестру и резко протестовал против оккупации владений своего родственника принца Ольденбургского. К 1810 году в преддверии разрыва резко выросли военные расходы, а армия была увеличена вдвое. Высшее военное командование предполагало в 1811 году наступательную войну, но Александр I всё-таки утвердил план стратегического отступления военного министра М. Б. Барклая де Толли.