Подлинным создателем министерской системы был сделавший стремительную карьеру сын сельского священника статс-секретарь Михаил Михайлович Сперанский, составивший в 1809 году по поручению царя план нового государственного устройства — «Проект уложения государственных законов Российской империи», в основу которого был положен принцип разделения власти и устройства всех её ветвей «на непременном законе». Проект предполагал введение выборных представительных собраний (дум) в губерниях, которые должны были формировать Государственную думу. Предусматривалось последовательное рассмотрение всех представленных правительством законопроектов в Государственной думе, Государственном совете и утверждение императором, без санкции которого закон не мог вступить в силу. Законодательная инициатива и система управления оставались бы в руках царя и его министров, но действия последних подлежали бы гласному обсуждению. Волостные, окружные и губернские думы должны были формировать суды соответствующего уровня, а верховным судебным органом оставался Сенат.

Сперанский считал, что все граждане (включая государственных крестьян), владеющие недвижимостью (землёй) или «капиталами промышленности», должны получить политические права. Он не стремился сразу отменить крепостное право, но полагал, что крепостные могут иметь «общие гражданские права»: на владение собственностью, наказание только по суду, — а их повинности будут регламентироваться законом. Зато он предлагал отменить принадлежность к дворянству по рождению, а даровать его за особые заслуги перед отечеством.

Была проведена в жизнь серия крайне необходимых мер по оздоровлению финансовой системы, ведь в 1810 году расходы в два раза превосходили доходы. С помощью продажи казённых земель, введения нового протекционистского таможенного тарифа (1810) и новых налогов (платить были обязаны и помещики — по 50 копеек за крестьянскую душу) он сумел сократить бюджетный дефицит и спасти государство от банкротства.

«Счастие и несчастие всех и каждого зависят от устройства правительства», — искренне полагал реформатор; он рассчитывал, что уже в 1810 году смогут произойти первые свободные выборы и к 1811-му Россия «восприимет новое бытие». Но из всех его планов был реализован лишь один — создание законосовещательного Государственного совета. Сам же реформатор вскоре пал жертвой дворянского недовольства. 17 марта 1812 года он был вызван на высочайшую аудиенцию. Из кабинета государя он вышел «в великом смущении», а у себя дома застал министра полиции А. Д. Балашова — тот опечатал его бумаги, а самого реформатора отправил в ссылку — сначала в Нижний Новгород, а затем в Пермь. Его арест и ссылка без следствия и суда по устному распоряжению Александра I стали последним отзвуком прежних «падений» министров, сопровождавшихся заточением в крепости и конфискацией имущества.