Государь уважал «внешние формы свободы», но теперь уже отнюдь не отказывался от самодержавного правления. Когда Сенат на основании нового закона 1802 года «О правах и обязанностях Сената» осмелился возразить против запрета Военной коллегией увольнения унтер-офицеров из дворян ранее истечения двенадцатилетнего срока службы, как император указом от 21 марта 1803 года разъяснил: право делать «всеподданнейшие представления» относится только к актам, опубликованным до 1802 года, а все последующие указы должны приниматься Сенатом к безусловному исполнению. С учреждением министерств реальная власть перетекла в Комитет министров; министрами и их заместителями были назначены как представители екатерининской знати, так и члены Негласного комитета: министром внутренних дел стал Кочубей, а Строганов — его товарищем (заместителем); пост товарища министра иностранных дел Воронцова получил Чарторыйский, а товарища министра юстиции Державина — Новосильцев; Министерством просвещения руководил Завадовский. Поскольку «молодые друзья» теперь занимали важнейшие государственные посты, в 1803 году Негласный комитет прекратил свои заседания, а в Непременный совет поступали лишь второстепенные дела.

Острота крестьянского вопроса ещё не была осознана властью. В этом направлении она пока двигалась очень мелкими шагами. Указ от 12 декабря 1801 года предоставлял купцам, мещанам, казённым крестьянам право покупать землю, а ещё один, подписанный четырьмя днями ранее, разрешал крестьянам заниматься торговлей «с тем только, чтоб они не заводили в городах для торговли сими припасами ни магазинов, ни лавок, а производили бы продажу на рынках и других установленных для сего местах». В 1804 году было издано Положение о крестьянах Лифляндской губернии: «дворохозяева» объявлялись наследственными владельцами своих земельных наделов, за которые теперь обязаны были отбывать барщину или платить оброк в зависимости не от желания владельца, а от качества и количества земли.

Александр запретил публиковать объявления о продаже крестьян (хотя сама продажа не запрещалась), торговать крепостными на ярмарках «в розницу», ссылать их в Сибирь за маловажные проступки. Он же прекратил практику массовых пожалований казённых крестьян в частные руки, отвечая на просьбы о «деревнях»: «Русские крестьяне большею частью принадлежат помещикам; считаю излишним доказывать унижение и бедствие такого состояния, и потому я дал обет не увеличивать число этих несчастных и принял за правило не давать никому в собственность крестьян». Правда, их можно было передать на время — в аренду, что в первой половине XIX века являлось обычной наградой.