Надо было побеспокоиться о безопасности государя. Его покой в Гатчине оберегал стоявший там лейб-гвардии Кирасирский полк, Терский эскадрон собственного его величества конвоя и Кубанский дивизион. Для постоянной охраны его резиденций и мест пребывания была создана Сводно-гвардейская рота, которая в 1883 году развернулась в Сводно-гвардейский батальон из четырёх рот. В рамках Положения об охране его величества была образована Секретная часть дворцовой полиции из двадцати восьми стражников и агентов; в 1894 году их стало уже 129. Они проверяли всю обслугу императорских дворцов — от поломоек до высших чинов, обследовали подземные коммуникации, парки, мосты, дорожки и прочие места, где «изволит гулять его величество». Приходилось учить агентов не попадаться на глаза государю, который не любил слежки и просил, чтобы за ним не ездили во время неофициальных мероприятий: «...поездка подобных лиц ни к чему не ведёт, а, напротив, заставляет обращать внимание публики». Но царя продолжали охранять, несмотря на его жалобы, «...полиции, стражников и казаков везде слишком много. И без того тошно и невыносимо гулять и кататься при такой обстановке. Излишнее усердие портит моё удовольствие ещё больше», — в очередной раз писал Александр III начальнику охраны П. А. Черевину в марте 1894 года.

Преобразованное Министерство внутренних дел и подчинённый ему Департамент полиции учились вести работу по-новому: засылать в революционные кружки своих агентов, противодействовать пропаганде, создавать систему слежки за неблагонадёжными. Всем этим в Петербурге и Москве занимались секретно-разыскные (впоследствии охранные) отделения при канцеляриях полицмейстеров или градоначальников с секретной агентурой и сыщиками-филёрами. В 1881 году для борьбы с революционным движением было введено Положение об усиленной и чрезвычайной охране, и с тех пор до 1917 года примерно треть губерний России постоянно находилась в режиме чрезвычайного положения. Реорганизация полицейской службы и новые методы работы дали результаты — через несколько лет с боевой организацией народников было покончено.

Весной 1881 года новый министр внутренних дел граф Н. П. Игнатьев представил императору записку об искоренении «антиправительственных настроений, получивших широкое распространение в бюрократических сферах». Всякая критика чиновниками правительственных мероприятий признавалась недопустимой. Александр III наложил резолюцию: «Умно и хорошо составлена записка, а главное, что всё это — чистейшая правда, к сожалению».

Утром 15 мая 1883 года в Успенском соборе Кремля началась церемония коронации. В центре на помосте стояли два трона: для императора — «алмазный» царя Алексея Михайловича, для императрицы — «персидский» Михаила Фёдоровича. Император возложил на себя корону и принял из рук петербургского митрополита Исидора скипетр — знак дарованной ему Богом власти. Затем начались литургия, миропомазание, шествие императора в алтарь и причастие. По окончании молебствия хор трижды пропел «Многая лета» и императорская чета вышла из собора. В этот момент раздались колокольный звон всех московских церквей и орудийные залпы из 101 орудия. Два следующих дня венценосная чета принимала подарки от представителей разных групп российского общества, а 19 мая в Грановитой палате был дан обед для высшего духовенства и особ первых двух классов. Гостей угощали борщом, похлёбкой, пирожками, паровой стерлядью, жарким из телятины, цыплят и дичи, гурьевской кашей, мороженым. Звучали тосты за здравие государя и государыни, их наследников и всех верноподданных.