Комиссия состояла из большого и разнообразного состава следователей, приехавших с А.П. Толстым из Петербурга. Вместе с Толстым возглавлял комиссию адмирал Грейг. Воронцов считал Грейга преданным ему человеком. Однако сразу же после знаменитого обращения Грейга к севастопольцам и всего, что за этим последовало, отношения Воронцова и Грейга испортились. Адмирал написал Воронцову, что «предпочитает быть уволенным от должности, если не может выполнить своего обещания жителям». Одновременно с тем стали поступать материалы комиссии «по изысканию причин», весьма неприятно подействовавшие на Воронцова. Он написал царю, что видит «с душевным прискорбием, что состояние здоровья адмирала Грейга не позволяет ему здесь полезное присутствие», и рекомендует на его место (т. е. на место военного губернатора и вместе с тем возглавляющего комиссию «по изысканию причин») генерала Тимофеева, имеющего «в полной мере усердие, расторопность и благоразумную твердость, как нужны в теперешних обстоятельствах».

Это лицемерное письмо довольно ясно сообщало царю о характере болезни адмирала Грейга. Он пытался быть справедливым. Грейг был убран, и на его место водворен генерал Тимофеев.

Воронцов распустил комиссию и в письменном виде сообщил Грейгу, что поручает полицейскому, майору Локателли (он стал теперь правой рукой Воронцова) «исследовать о намерениях членов той комиссии». Грейг написал на полях этого документа: «И так ныне дело уже более не идет о действиях, а о намерениях». Некоторые члены комиссии были арестованы за «возбуждение жителей к принесению жалоб» и за то, что «входили в расспросы о положении жителей Корабельной слободки, представляя оное в превратном виде». Комиссия в новом составе была поручена генералу Тимофееву.

Генерал сразу же объявил, что задача его состоит вовсе не в поисках истины, а в том, чтобы отвратить толки и заблуждения. Собственной своей персоной генерал побывал во всех домах обеих слобод и нашел, что одежды и запасов всюду было в излишестве. Действительно, дома эти занимали теперь довольно зажиточные мещане; что касается старых жителей, то их теперь не было и помину. Впрочем, среди высылаемых был произведен опрос с пристрастием, и многие отказались от прежних своих показаний. Даже банки с мукой генерал отметил как «неизвестно от кого и по какому случаю поступившие». Новая комиссия полностью опровергла показания и материалы комиссии Толстого. Заключение было то самое, которое требовалось Воронцову: «Буйные люди, не веря существованию в Севастополе заразной болезни, не от притеснений со стороны карантинного управления произвели мятеж, но единственно от неповиновения распоряжениям начальства и собственной упорности».