Республика Панама назначила «Дж. П. Морган и К°» совместно с Кромвелем своими фискальными агентами. Из десяти миллионов долларов, полученных новой республикой от американского правительства, Морган и Кромвель выплатили ей четыре миллиона сразу же, а остаток «инвестировали перманентно на благо страны» в закладные на недвижимость Нью-Йорка. Морганы также были фискальными агентами французской «Панама кэнл компани», которой Соединенные Штаты выплатили сорок миллионов долларов за ее «собственность и права». Морган и его сын, Дж. П. Морган-младший, активно занимались перечислением этих денег, размещенных Минфином в десяти банках. Все они являлись учреждениями Моргана либо действовали в его орбите. «Дж. С. Морган и К°» в Лондоне произвела окончательный перевод денег в банк Франции.

За всем этим последовала не только острая критика участия президента Рузвельта в панамской революции, но и широкие дебаты по поводу того, кто заполучил деньги, выплаченные правительством французской компании. В 1906 году комитет сената по межокеаническим каналам провел расследование этой трансакции. В ответ на вопрос об этих выплатах Кромвель сказал, что двадцать пять миллионов долларов были выплачены ликвидатору старой французской компании и пятнадцать миллионов — новой «Панама кэнл компани», из которых три миллиона долларов все еще находились в Министерстве финансов. Вместе с тем Кромвель отказался раскрыть окончательное распределение указанных денег. Он, естественно, знал, кто получил эти деньги, но не захотел говорить, хотя такой его отказ окружил всю эту сделку тайной и подозрениями. Кромвель являлся главным действующим лицом во всей этой трансакции, и он и его товарищи получили большие прибыли.

«Уорлд» Нью-Йорка и «Ньюз» Индианаполиса продолжали задавать вопрос: «Кто же получил эти деньги?» и выдвигать строгие обвинения, пока, наконец, президент Рузвельт не возбудил против этих газет судебное дело по обвинению в клевете. Дело рассматривалось в рамках старого закона, который не имел ничего общего с клеветой, касался лишь защиты оборонительных и фортификационных сооружений гавани, но предусматривал уголовное наказание. Судебные слушания (возбужденные Рузвельтом на том основании, что в них содержалась клевета на правительство Соединенных Штатов) обвинили «Уорлд» и «Ньюз» в уголовно наказуемой клевете на Теодора Рузвельта, Дж. Пирпонта Моргана, Уильяма Нельсона Кромвеля и троих других людей. Один из федеральных районных судей даже подал в отставку, чтобы не участвовать в этом деле. Он утверждал, что такие обвинения подрывают устои правительства. Суды прекратили оба эти дела, а один из судей так прокомментировал свое решение: «В этом деле о Панамском канале есть много странного. Мне было бы любопытно узнать всю правду, а поведение Кромвеля перед комитетом сената вызывает множество подозрений».