В начале 1919 года архимандрит Вениамин возвращается в Крым и по просьбе преподавательской корпорации вновь становится ректором Таврической семинарии. 10 февраля 1919 года прошла хиротония архимандрита Вениамина во епископа Севастопольского. В годы гражданской войны владыка Вениамин становится главой военного духовенства Белой армии (в 1919–1920 годах – епископ армии и флота на юге России), тесно сотрудничает с генералом П. Н. Врангелем в качестве представителя Церкви в Совете министров, но это не превращает его в борца против Советской власти.

Владыка Вениамин прежде всего оставался христианином и с позиций христианина пытался понять ту правду, которая стояла за его противниками – не новоявленными кремлевскими вождями, а мужиками в красноармейских шинелях. «Что вы все об интернационале думаете? – спросил владыка в годы гражданской войны одного большевика в Севастополе. – Лучше бы о своей нации больше думать!» А тот, «простой фельдфебель, полненький, низкого роста», ответил: «Мы любим свой народ! Но мы хотим добра и другим народам!». «Наш народ ЖЕРТВЕННЫЙ» (33, с. 18), – делает вывод владыка, и этот вывод укрепляет его в желании служить народу. Он видел примеры истинного геройства и самопожертвования со стороны защитников старого строя, но поражался их безбожию: «Мы белые большевики, мы погибнем!» (31, с. 245) – заключал он.

Однако с Белой армией епископ Вениамин в 1920 году уходит с родной земли и на долгие десятилетия оказывается на чужбине. Турция, Болгария, Югославия, Чехословакия, Германия, Франция, Англия, США – в этих странах ему пришлось жить, где – месяцы, где – годы.

Не сладкой была эта жизнь по житейским понятиям. То бедный, заброшенный сербский монастырь Петковице, то почти нищенское существование в благополучной и сытой Чехословакии (из воспоминаний: «Ну, Иван, – говорю я хозяину вечером, – завтра у нас с тобой ни хлеба, ни сахара, лишь чай остался. И кушать не на что…» (31, с. 356)), то более сносное, но никак не «архиерейское» пребывание во Франции.

Идеал западного мира встал перед ним во всей полноте: «Материальное, мещанское благополучие. Это и чувствовал я везде: вот бы иметь дом и доход, а еще бы лучше – красивую дачку в лесу за городом, и этого довольно. Ни о каком Царстве Небесном они не хотят помышлять, все “тут” для них, в царстве земном» (31, с. 266). Но как жизнь человеческая несводима к материальному, так и тем более жизнь владыки Вениамина за рубежом определялась прежде всего его горячей верой в Бога и надеждой на непреложную Божию помощь.