Хотя расследование проводилось президентской группой и ЦРУ, фактически ведущую роль в нём сыграл младший брат Джона Кеннеди Роберт, в это время занимавший пост генерал-атторнея США, которому президент безоговорочно доверял и который, как и Тейлор, был явно настроен против Даллеса. Как свидетельствуют рассекреченные только в 2012 году документы архива Кеннеди, генерал-атторней присутствовал на заседаниях обеих комиссий, направлял их деятельность, формулировал основные пороки подготовки операции на Плайя-Хирон⁵³⁷.

Расследование причин поражения «контрас» не дало результата в том смысле, что ответственные за поражение лица так и не были названы. Однако установлены были грубые ошибки в планировании операции; численность десанта была признана незначительной по сравнению с силами регулярной армии находившегося в стадии формирования тоталитарного общества с жёсткой дисциплиной; не было обнаружено, что побережье отделено от ближайших гор полосой почти непроходимых болот, и это делало невозможным отход туда десантников в случае неудачи операции, как рассчитывали планировавшие её сотрудники ЦРУ; не были приняты во внимание прибрежные рифы; не был проведён расчёт времени, необходимого на разгрузку боевого снаряжения. По существу, всё это были камни в огород ЦРУ и прежде всего его руководителя.

Все эти недостатки и пороки подготовки операции, по признанию Даллеса, который утвердил доклад Киркпатрика, имели место. Однако Даллес полагал, и это было действительно так, что на все эти вроде бы «мелочи» не обращалось должного внимания по той причине, что разработчики плана, да и он сам, были убеждены, что непосредственно вслед за «контрас» в военные действия вступят американские регулярные воинские силы. Разрешение на это президент, однако, не дал, хотя не оставлял планов ликвидации на Кубе явно враждебного Соединённым Штатам режима.

Утратив доверие к Даллесу, Кеннеди распространил своё чувство раздражения на ЦРУ в целом. Он всё реже приглашал Аллена и его заместителей для консультаций по принципиальным внешнеполитическим вопросам. Более того, президент почти прекратил созывать заседания СНБ. Вместо этого Кеннеди предпочитал пользоваться рекомендациями своих доверенных лиц вне формальных рамок коллективного консультативного органа⁵³⁸.

Только один раз — во время второго, ещё более опасного Кубинского кризиса — в связи с размещением на Кубе советских ракет среднего радиуса действия с ядерными зарядами, — образованной президентом чрезвычайной консультативной группе в октябре 1962 года было дано условное наименование «Исполнительный комитет СНБ». Но это было в то время, когда Аллен Даллес уже находился в отставке.