Двадцать девятого ноября 1961 года директором Центральной разведки, то есть директором ЦРУ, был назначен Джон Маккоун, что было необходимо для того, чтобы обеспечить преемственность и непрерывность руководства. Маккоун был назначен именно директором, а не исполняющим обязанности, как это было обычно принято, так как должность подлежала утверждению Сенатом⁵⁴². Он не принадлежал к разведывательному сообществу и получил инженерное образование в Калифорнийском университете. Являясь в начале своей карьеры бизнесменом, одним из владельцев и исполнительным вице-президентом «Юнайтед стейтс стал корпорейшн», он несколько раз привлекался президентами к государственной службе: был заместителем секретаря по обороне, заместителем секретаря по военно-воздушным силам. Перед своим назначением в разведку Маккоун являлся председателем Комиссии по атомной энергии, созданной после Второй мировой войны в качестве исполнительного правительственного органа для содействия и контроля за развитием ядерной отрасли, включая использование атомной энергии как в военных, так и в мирных целях.

Назначение директором ЦРУ человека, связанного с техническими науками и вооружёнными силами, но никакого отношения не имевшего к разведке, было явно демонстративным шагом Кеннеди, стремившегося максимально отстраниться от тайных операций. Маккоун был утверждён Сенатом в январе 1962 года и занимал свою должность до апреля 1965 года. Будучи членом Республиканской партии, он послушно исполнял распоряжения президента, но подчас подавал свой голос в пользу мирного решения наиболее острых международных проблем. В этом смысле Маккоун существенно отличался от Даллеса.

В ЦРУ чтили своего бывшего руководителя, и Маккоуну приходилось с этим считаться. Он неоднократно обращался к Аллену за советами, которые тот охотно давал, хотя чувствовал себя обиженным увольнением. В то же время Аллену было приятно, что в вестибюле центрального здания ЦРУ был помещён медальон с его портретом и лестной для него надписью, о чём уже было сказано выше.

Маккоун продолжал разработанную при Даллесе операцию под кодовым названием «Мангуст», говорившим само за себя. Мангусты — млекопитающие широко известные умением истреблять ядовитых змей. В качестве таковых рассматривались Кастро и его режим. «Мангусту» предшествовали попытки покушений на Кастро, предпринимавшиеся ещё при Эйзенхауэре, которые реализовать не удавалось. О плане «Мангуст», который практически пытались провести тогда, когда Даллес уже находился в отставке, но который в самом управлении его проектировщики называли планом Даллеса, в администрации знали лишь несколько человек, включая президента⁵⁴³ (план был частично рассекречен только в 1989 году). В то же время, продолжая сохранять недоверие к специализированному разведывательному органу, понимая, что традиции Даллеса в ЦРУ сильны, Кеннеди установил личный контроль над планом и поручил своему брату — генерал-атторнею Роберту Кеннеди — персонально утверждать характер подрывных операций. К Роберту стекалась вся информация о намечаемых и уже проведённых действиях⁵⁴⁴.