Сама Екатерина не любила обращаться к врачам. В свою бытность великой княгиней она часто болела, и состояние ее здоровья постоянно тревожило императрицу Елизавету. После того как Екатерина заняла трон, ее здоровье стало вопросом государственной важности. Она испытала на себе бремя абсолютной власти: нужно было выслушивать отчеты, консультироваться с советниками, принимать ответственные решения. Она пыталась поддерживать здоровье с помощью отдыха, диеты, прогулок на свежем воздухе. Однако Екатерина часто жаловалась близким на головные боли и боли в спине. В 1768 году она написала Никите Панину: «Я больна: моя спина разболелась сильнее, чем когда бы то ни было. Прошлой ночью от боли у меня началась лихорадка, и я даже не знаю, в чем причина. Я глотаю лекарства и делаю все, что они [врачи] хотят». И снова из письма Панину: «Прошло четыре года с тех пор, как головная боль в последний раз покидала меня. Вчера я не ела весь день».

Хотя она считала, что сохранит здоровье, игнорируя докторов, в конце концов она согласилась пригласить ко двору личного врача. Она выбрала молодого шотландца – доктора Джона Роджерсона из Эдинбургского университета. Все еще убежденная в том, что врач ей не нужен, Екатерина поощряла его шутки по поводу современной медицины, ей нравилось рассказывать о нем своим приближенным как о своего рода шарлатане от медицины вроде одного из героев Мольера. «Нельзя вылечить укус блохи», – говорила она ему. Роджерсон смеялся и продолжал убеждать ее принять пилюли, которые он ей предлагал. Когда же ему удавалось это сделать, он хлопал императрицу по спине и весело говорил: «Молодец, мэм! Молодец!»

Но о шутках пришлось забыть, когда Екатерина столкнулась с одним из самых тяжелых заболеваний ее времени – оспой. Против нее императорская семья была защищена не более, чем семья простого крестьянина. Юный император Петр II умер, заболев оспой в пятнадцать лет. Гольштейнский жених императрицы Елизаветы, дядя Екатерины, заболел оспой накануне свадьбы. Екатерина не могла забыть о том, как болезнь обезобразила ее мужа, будущего императора Петра III. Она считала, что ей повезло, раз она достигла взрослого возраста без единой оспины, однако Екатерина знала, что в любой момент все может измениться.

Свирепая эпидемия оспы, поразившая Габсбургов, напугала Екатерину. В мае 1767 года императрица Мария Терезия и ее невестка, Мария Йозефа, жена ее сына и наследника Иосифа II, обе заразились оспой. Через пять дней Мария Йозефа умерла. Мария Терезия поправилась, однако на ее лице остались отметины. Ее вдовствующий сын, Иосиф II, отказался жениться повторно, и у него не осталось детей. В следующем октябре дочь Марии Терезии, также носившая имя Мария Йозефа, умерла от оспы. Еще две дочери Габсбургов перенесли эту болезнь, но выжили, однако на их лицах остались глубокие оспины. Цепочка трагедий убедила Марию Терезию сделать прививку трем младшим детям.