Орлов взял под контроль пораженный чумой город. Смертность уже достигла предела в шестьсот – семьсот человек в день. Орлов выяснил у врачей, как они собираются действовать, и ему удалось усмирить толпу. Он был властным и эффективным, но вместе с тем гуманным. Орлов сопровождал врачей до постелей больных, наблюдал за раздачей лекарств, следил за тем, чтобы убирали трупы, которые гнили в домах и на улицах. Он обещал свободу крепостным, которые добровольно будут работать в больницах, открыл приюты для сирот, раздавал еду и деньги. За два с половиной месяца он потратил сто тысяч рублей на еду, одежду и кров для уцелевших. Он приказал сжигать одежду умерших и сжег более трех тысяч деревянных домов. Орлов восстановил принудительный карантин, чем снова вызвал бунты. Он почти не спал, его целеустремленность, мужество и усердие вдохновляли остальных. Смертность в городе, который в сентябре потерял 21 000 человек, сократилась в октябре до 17 561 человека, в ноябре – до 5255 и в декабре – до 850. Отчасти это было результатом деятельности Орлова, отчасти – следствием наступления холодов.

Уверенность в Орлове, а также надежда на наступление ранней зимы поддерживали императрицу эти недели. Она боялась, что эпидемия может распространиться на север, к Санкт-Петербургу. Уже были подозрительные вспышки в Пскове и Новгороде. Для защиты города на Неве были приняты меры: все дороги блокировали контрольно-пропускные пункты; почта передавалась с особенной осторожностью; после каждой подозрительной смерти следовал обязательный медицинский осмотр. Екатерина переживала по поводу того, какой эффект будут иметь новости и слухи, приходившие из ее империи в страны Европы. Сначала она пыталась запретить распространение историй о массовых смертях, ужасе и жестокости. Затем, в разгар эпидемии, чтобы воспрепятствовать дальнейшим опасным слухам – например, о том, что людей закапывали живыми, – Екатерина распорядилась опубликовать официальные данные о восстаниях в Москве. Иностранные газеты приняли и распространили ее версию. Однако в душе она была возмущена происходящим. Вольтеру она так прокомментировала смерть Амвросия: «Подлинно, вот чем восемнадцатый век может похвалиться! Вот какими мы просвещенными сделались!» Александру Бибикову, бывшему председателю Законодательного собрания, она писала: «Мы провели месяц в обстоятельствах, при которых Петр Великий жил тридцать лет. Он с триумфом преодолевал все невзгоды. И мы надеемся, что сможем выйти из нашего положения с честью».

К середине ноября 1772 года кризис миновал, и Екатерина разрешила людям посещение церквей для благодарственных молитв. 4 декабря когда Орлов вернулся в Санкт-Петербург, она осыпала его почестями. Екатерина изготовила золотую медаль, на одной стороне которой был изображен профиль мифического римского героя, а на другой – профиль, имевший сходство с Орловым. Надпись была следующей: «У России тоже есть такие сыны». Она возвела триумфальную арку в Царском Селе, на которой была сделана надпись: «Герою, спасшему Москву от чумы».