Маргулана могли арестовать из-за его контактов с бывшими алаш-ордынцами. На одной из фотографий 1928 г. он находится вместе с шестью видными деятелями казахской интеллигенции: Халелом Габбасовым, Миржакыпом Дулатовым, Ахметом Байтурсыновым, Мухтаром Ауэзовым. Жусипбеком Аймауытовым, Абдоллой Байтасовым. Большинство из них имели отношение к разгромленной большевиками партии «Алаш». Все шестеро вскоре были репрессированы (четверо расстреляны в 1930-е годы, двое осуждены на длительные сроки ИТЛ). Кроме того, во время учебы в Ленинграде Алькей Маргулан тесно общался с одним из лидеров «Алашорды» Алиханом Букейхановым^{13}.

Однако Маргулан был освобожден, сумел восстановиться в аспирантуре. В 1936–1938 гг. он стажер, научный сотрудник Института истории материальной культуры АН СССР.

В декабре 1938 г. Алькей Маргулан переселился в Алма-Ату.

В 1939–1946 гг. — старший научный сотрудник, заведующий сектором Института истории Казахского филиала АН СССР (1939–1946).

В 1943 г. Маргулан защитил кандидатскую диссертацию «Историческое значение ярлыков и пайцзе» (пайцзе, пайцза — верительная бирка, символ делегирования власти).

В августе 1944 г. в Москве принимается постановление ЦК ВКП (б) «О состоянии и мерах улучшения массово-политической и идеологической работы в татарской партийной организации». В нем говорится о «серьезных недостатках и ошибках националистического характера» в освещении истории (приукрашивание Золотой Орды, популяризация ханско-феодального эпоса о Идегее [татарский вариант имени Едиге, Едыге]). Это повлекло последствия для исследователей эпосов из тех регионов, в которых героический эпос о золотоордынском полководце Едиге получил известность (ногайцы, поволжские татары, казахи, кыргызы, крымские, барабинские, таранчинские, сибирские татары, башкиры, каракалпаки, узбеки, горные алтайцы).

Однако в 1945 г. Алькей Маргулан защитил докторскую диссертацию на тему «Эпические сказания казахского народа», в которой тема Эдиге и Золотой Орды, рассматривается без учета критики, прозвучавшей в вышеупомянутом постановлении ЦК ВКП (б).

Через год в Казахскую ССР прибыла из Москвы группа работников Управления пропаганды и Союза советских писателей СССР. В октябре эта группа направила секретарю ЦК ВКП (б) Г. М. Маленкову докладную записку, в которой указала на «ошибки и недостатки» при освещении некоторых тем истории и литературы. Несколько раз в записке упомянуто имя Алькея Маргулана: «Некоторые казахские историки и литераторы явно идеализируют Золотую Орду и всячески восхваляют Едиге. В подготовленном в 1944 г. Казахским филиалом Академии наук „Историческом сборнике“ в статье тов. Маргулана „Ер-Едиге“ говорится: „Едиге — один из гениальных людей эпохи Золотой Орды. <…> …Едиге всю свою жизнь посвятил народу, Родине, поэтому и имя его не забывается веками“». Вину за то, что казахские литераторы продолжали восхвалять Едиге, комиссия возложила на секретаря ЦК КП (б) Казахстана по пропаганде Мухамеджана Абдыкалыкова, который, как написано в записке, вопреки историческим фактам, утверждает, «что у нас, т. е. в Казахстане, был другой Едиге, чем у татарского народа»^{13}.