По мнению московского археолога Леонида Кызласова, Алькей Маргулан уцелел лишь потому, что единственный экземпляр рукописи его диссертации «Эпические сказания казахского народа» «вовремя исчез» из фонда Ленинской библиотеки. Но факт исчезновения рукописи не находит подтверждения. Когда корреспондент Азаттыка процитировал это высказывание московского друга Алькея Маргулана его дочери Данель Маргулан, она удивилась.
— Я, учась в аспирантуре в Москве, взяла в Ленинской библиотеке фотокопию диссертации. Эта диссертация опубликована (в одном из томов подготовленного ею 14-томного собрания сочинений своего отца){13}.
11–15 апреля 1953 г. в Алма-Ате с участием президента Академии наук Динмухамеда Кунаева, 30 ученых из Казахстана и нескольких человек из России, прошла «дискуссия», во время которой Маргулан и ряд других ученых были обвинены в отходе от марксистско-ленинского учения. Главным обвинителем выступал Малик Габдуллин, обвинявший коллег (чаще всего он критиковал Мухтара Ауэзова, Алькея Маргулана, Есмагамбета Исмаилова, Бейсембая Кенжебаева) в «неправильном, антимарксистском освещении истории казахского эпоса» и в том, что не все из них выступили с критикой «ошибок».
В те годы Малик Габдуллин последовательно руководил Институтом литературы и языкознания АН Казахской ССР (1946–1951), Казахским педагогическим институтом имени Абая (1953–1963). При этом публично каялся, что сам ранее совершал «ошибки».
Алькей Маргулан признал критику в свой адрес отчасти справедливой и предложил объяснение причин появления «ошибок». Он сказал, что к ним привело то, что еще в царское время казахский эпос изучался известными русскими учеными, оставившими различные толкования. Корни своих «ошибок» он видел в идеализации Александра Веселовского и его школы, которую долгие годы признавали многие советские ученые. «После постановления ЦК ВКП (б) о работе Татарского обкома я, как честный человек, не мог повторять старые, осужденные ошибки. Статьи, опубликованные после этого постановления, были написаны гораздо раньше — в 1942–1943 гг., но опубликованы спустя 3–4 года без исправления», — сказал Маргулан{13}.
В октябре 1950 г. казахский историк Тлеукажи Шоинбаев направил письмо секретарю ЦК ВКП (б) М. А. Суслову и председателю Комиссии партийного контроля при ЦК ВКП (б) М. Ф. Шкирятову о биографии президента Академии наук КазССР К. Сатпаева, влиянии на него традиций и родственных связей. В письме Т. Шоинбаев выдвинул против К. Сатпаева серьезные по тем временам обвинения: выходец из крупной байско-феодальной семьи, был активным членом партии «Алаш», насаждает в Академии наук трайбализм и кумовство, имеет несколько жен. Шоинбаев в связи с этими обвинениями упоминает и Алькея Маргулана, которого причислил к «буржуазным националистам»: «Зять Сатпаева Аликей Маргулан в 1946 году с помощью Сатпаева защитил докторскую диссертацию на тему „Казахский эпос“, в которой Маргулан восхваляет, идеализирует военачальника „золотой орды“ Едиге, одного из палачей русского народа в период монгольского ига. Этот буржуазный националист Маргулан с помощью Сатпаева стал член-корреспондентом Академии наук Каз. ССР».