В «подчищенной» биографии Маргулана указывается, что после защиты докторской диссертации он работает заведующим сектором, заведующим отделом, старшим научный сотрудник Института истории, археологии и этнографии АН Казахстана (1946–1985).

В 1946 г. первый президент только что созданной Академии наук Казахской ССР Каныш Сатпаев посоветовал Алькею заняться археологией и с тех пор он, в основном, ею и занимается.

В 1947 г. началась травля Маргулана. В первом номере журнала «Большевик Казахстана» вышла статья партфункционера Б. Степанова в которой указывалось, как правильно освещать эпос. Степанов объявил героя эпоса Едиге «злейшим врагом русского народа» и обвинил Маргулана в том, что он в своей книге наделил Едиге лучшими качествами казахского народа. Из этого делается вывод, что Маргулан искажает историческую правду и идет на фальсификацию.

В феврале 1947 г. в Казахском академическом театре драмы прошло собрание работников науки, литературы и искусства совместно с представителями партийных и общественных организаций. На нем речь шла о «грубых политических ошибках». Критиковали и Алькея Маргулана. Секретарь горкома парии Джусупбеков обвинил Маргулана в восхвалении «душителя русского и казахского народов Едиге» и в утверждении, что самой светлой страницей в истории казахов была эпоха Чингисхана.

В марте 1947 г. в «Казахстанской правде» выходит статья М. Ахинжанова и Б. Турсынбаева «Профессор М. Маргулан извращает историю». В ней во многом та же критика, что в выступлении секретаря горкома, но в более развернутом и дополненном виде. Нужно отметить, что М. Ахинжанов не впервые писал подобные статьи. В 1937 г. его фамилия стоит первой в списке авторов из числа студентов-историков под публикацией в «Казахстанской правде» «Японский шпион в роли историка», направленной против Санжара Асфендиярова, которого через год расстреляют, обвинив в «контрреволюционной деятельности»^{13}.

В последующие годы имя Алькея Маргулана не раз упоминалось на страницах республиканской печати в связи с «неправильным» освещением героического эпоса, хотя с 1946 г. он почти исключительно занимался археологией и от изучения эпоса отошел.

Периодические публичные разносы в течение шести лет (1947–1953) за «политические ошибки», помимо нервных потрясений, привели к тому, что Алькей Маргулан был уволен из Академии наук. По информации его дочери Дании Маргулан, с 1952 по 1955 год он там не работал.

Историк Ж. О. Артыкбаев в книге «Историческое наследие Машхур Жусуп Копеева» пишет, что в период репрессий по делу историка Ермухана Бекмаханова (1951 год) Алькей Маргулан некоторое время находился под арестом. Дочери Алькея Маргулана об этом аресте ничего не известно.