В мае 1918 г. произошел мятеж чехословацкого корпуса, который состоял из бывших военнослужащих австро-венгерской армии. Вслед за ними началось восстание оренбургских казаков, которые отправили к А. И. Дутову, как законно избранному войсковому атаману, в Тургайские степи, делегацию. 3 июля казаки взяли Оренбург и 7 июля Дутов прибыл в Оренбург и возглавил Оренбургское казачье войско, объявив территорию Оренбургской губернии «Особой Областью Войска Оренбургского»

8 июня 1918 г. в Самаре появилось первое всероссийское правительство, выступавшее против большевиков: Комитет членов Всероссийского Учредительного собрания (КОМУЧ). Дутов, как избранный член Учредительного собрания признал власть Комитета членов Учредительного собрания и присоединился к самарскому правительству Комуча.

Его назначили главноуполномоченным Комитета на территории Оренбургского казачьего войска, Оренбургской губернии и Тургайской области (июль — август 1918 г.). Начальник обороны Оренбургского казачьего войска (1918).

Однако очень быстро КОМУЧ возмутился далеко не демократичными методами работы атамана.

Свою позицию Дутов объяснял так: «Я люблю Россию, в частности, свой Оренбург, край, в этом вся моя платформа. К автономии областей отношусь положительно, и сам я большой областник. Если бы большевики и анархисты нашли действительный путь спасения, возрождения России, я был бы в их рядах, мне дорога Россия, и патриоты, какой бы партии они не принадлежали, меня поймут, как и я их. Но должен сказать прямо: „Я сторонник порядка, дисциплины, твёрдой власти, а в такое время, как теперь, когда на карту ставится существование целого огромного государства, я не остановлюсь и перед расстрелами. Эти расстрелы не месть, а лишь крайнее средство воздействия, и тут для меня все равны — большевики и не большевики, солдаты и офицеры, свои и чужие“». Это выдержка из его беседы с Сибирским телеграфным агентством.

Территория Оренбургского казачьего войска была разделена между самарским и омским правительствами, и Дутову, как атаману всего войска, приходилось поддерживать отношения с обоими, что вызывало недовольство и в Омске и в Самаре.

25 июля 1918 г. Дутов был произведен КОМУЧем в генерал-майоры.

Участвовал в Уфимском государственном совещании (сентябрь 1918 г.). Войска белых под руководством Дутова овладели городом Орск (28.09.1918), последним неподконтрольным белым центром на территории Оренбургского казачьего войска.

Уфимской директорией назначен командующим Юго-Западной армией (17.10.1918), затем Верховным правителем и Верховным главнокомандующим всеми сухопутными и морскими вооруженными силами России адмиралом А. В. Колчаком — командующим Отдельной Оренбургской армией (128.12.1918–23.05.1919), переформированной из Юго-Западной армии. К концу 1918 г. у Дутова было 23 батальона,10 892 штыка и 22 449 сабель.