В борьбе со сторонниками советской власти ее противники отличались особой свирепостью, особенно казачьи атаманы, как атаман Б.В. Анненков. Это он по распоряжению военного министра омского правительства Иванова-Ринова зарубил 87 делегатов крестьянского съезда Славгородского уезда. Это он дотла сжег село Черный Дол, поднявшее восстание против Колчака. В Усть-Каменогорске Анненков отобрал из заключенных в крепости тридцать партийных и советских работников, вывез в Семипалатинск, вывел к проруби на Иртыше и утопил. Опьяненные кровью, анненковские головорезы истребляли всех, кто попадал им под горячую руку. Надписи на их вагонах и орудийных лафетах призывали: «Руби направо и налево». Они как бы узаконили жесточайший террор.

С 1917 г. важнейшей обязанностью председателя ВЧК являлось руководство чекистами в подавлении мятежей, восстаний и бандитизма, несмотря на то что главные его усилия в первые месяцы советской власти были направлены на борьбу с саботажем и спецслужбами иностранных государств.

С первых дней своего существования органы ВЧК работали по директивам и под контролем большевистской партии, ЦК которой строго следил за выполнением ими важнейших партийных постановлений и решений СНК и СТО по борьбе с контрреволюцией, шпионажем, бандитизмом. В отдельных случаях по специальному поручению Советского правительства чекисты кроме разоблачения шпионов и контрреволюционеров вели борьбу с другими преступлениями, наносившими серьезный ущерб государству.

Наряду с тем, что Дзержинский был председателем ВЧК, 18 августа 1919 г. ЦК РКП(б) рекомендовал его РВС Республики назначить по совместительству с другими должностями начальником Особого отдела ВЧК, и 27 августа 1919 г. это назначение состоялось. Первым его заместителем стал бывший председатель Уфимской ЧК И.П. Павлуновский, вторым – бывший секретарь ВЦИК в ВЧК В.А. Аванесов. Тогда же при отделе утверждены особоуполномоченные ОО: бывший генеральный консул РСФСР в Берлине В.Р. Менжинский, бывший нарком Госконтроля К.И. Ландер, сотрудник ВЧК А.Х. Артузов, по совместительству секретарь СНК Я.С. Агранов и В.Д. Фельдман, заведующим делопроизводством стал заниматься управделами Особого отдела, которым с 3 ноября 1919 г. заведовал Г.Г. Ягода.

Председатель ВЧК считал, что наряду с другими подразделениями и службами особые отделы являются «одним из самых значащих помощников как для нашего правительства, так и для нашего военного командования в деле укрепления нашей Красной армии». Совместная, дружная работа командования, революционных трибуналов и особых отделов должна была «предохранить армию от разложения и тлетворного влияния антисоветских элементов»[601]. Он указывал, что особые отделы «должны быть глазами, рукой, одним из значащих помощников как для нашего правительства, так и для военного командования в деле укрепления Красной армии». Совместная, дружная работа командования, революционных трибуналов и особых отделов должна была «предохранить армию от разложения и тлетворного влияния антисоветских элементов»[602].