Л.Д. Троцкий уведомил Дзержинского за несколько дней до этого, что Муравьев лишен мандата и, следовательно, является самозваным главнокомандующим.

По данным ВЧК, сообщил Дзержинский, Муравьев послал свое доверенное лицо в Москву с предложением анархисту Льву Черному подготовить отряд анархистов оружием для борьбы с советской властью. Но после отказа Л. Черного Муравьев снял свое предложение, но передал анархистам два пулемета. К тому же заместитель председателя ВЧК Александрович сообщил, что Муравьев рассказывал левым эсерам, будто после его назначения главнокомандующим Кавказским фронтом «большевики дали ему инструкцию ударить в тыл сражающимся с турками меньшевикам, но что он на такую подлость не пойдет».

В ВЧК были и документы, уличающие Муравьева в том, что после Октябрьской революции он вел себя как монархист и провокатор. В ответ на запрос № 40 от 21 мая 1918 г. следственного отдела Комиссариата публичных обвинений 24 мая Дзержинский отдал распоряжение Г.Н. Левитану отпечатать и направить ответ, в котором давались пояснения по делу М.А. Муравьева. Утром в день его ареста в ВЧК пришел матрос и предъявил Дзержинскому документы начальника отряда одесских террористов, в которых говорилось, что отряд прикомандирован к армии Муравьева и ему предписывается немедленно отправиться в Царицын в штаб армии. Начальник террористов также заявил, что Муравьев должен тоже уехать туда как главнокомандующий Кавказской армией. «Это сообщение, – писал Дзержинский, – и заставило меня еще раз запросить тов. Троцкого о полномочиях Муравьева и ускорить арест последнего. Отряд террористов находился не в самой Москве, а где-то верст за 20 от Москвы, на какой-то ж.-д. станции»[625].

После проведения расследования ревтрибунал не придал серьезного значения показаниям Дзержинского и освободил Муравьева по ходатайству ряда военных деятелей. 14 июня 1918 г. он был назначен командующим Восточного фронта[626].

В мае 1918 г. ВЧК решила образовать постоянную комиссию в составе Дзержинского, Евсеева и Зимина «для точного установления виновности задерживаемых крупных преступников и бандитов с предоставлением права означенной Особой комиссии в случае подтверждения их виновности немедленно предавать расстрелу.

С середины мая на Южном и Восточном фронтах решалась судьба Советской Республики. 13 мая 1918 г. Совет Рабочей и Крестьянской Обороны обязал Склянского и Дзержинского «собирать и доставлять еженедельные точные сведения о том, сколько эшелонов фактически следует с достаточным количеством сопровождающих и сколько следует без таковых. Первые сведения должны быть доставлены через две недели…».