Приехав в отряд, председатель ВЧК задал вопрос, где находится Блюмкин, и получил ответ, что его в отряде нет, он уехал в какой-то госпиталь. Дзержинский потребовал, чтобы к нему привели дежурных, которые стояли у ворот и могли бы подтвердить отъезд Блюмкина. Заметив колебание Попова и шапку Блюмкина на столе, Дзержинский потребовал открыть все помещения и, приказав отряду остаться на своих местах, сопровождаемый тремя чекистами, начал обход помещения. В это время к нему в сопровождении нескольких десятков вооруженных матросов подошли члены ЦК левые эсеры П.П. Прошьян и В.А. Карелин и заявили, что поиски Блюмкина напрасны, он убил графа Мирбаха по распоряжению ЦК партии эсеров. Дзержинский объявил Прошьяна и Карелина арестованными и сказал присутствовавшему здесь же Попову, что если он не подчинится и не выдаст их, то, как изменник, получит пулю в лоб. Попов ответил: «Я вам подчинялся и выполнял ваши требования до тех пор, пока не получил приказа из ЦК нашей партии, которому должен подчиниться». А Прошьян и Карелин заявили, что они повинуются приказанию, но перешли в соседнюю комнату, где заседал ЦК левых эсеров, и вызвали М.А. Спиридонову, Ю.В. Саблина, Б.Д. Камкова, Черепанова, В.А. Александровича, В.Е. Трутовского, начальника их боевой дружины Э. Фишмана и других. Дзержинского со всех сторон окружили матросы, а Саблин приказал ему сдать оружие. Дзержинский обратился к матросам, спросив, позволят ли они, чтобы был разоружен председатель ВЧК, в отряде которого они состоят. Матросы заколебались. Тогда Саблин с пришедшими 50 матросами из соседней комнаты при помощи Прошьяна обезоружили Дзержинского. После этого Черепанов и Саблин заявили, что большевики стоят перед совершившимся фактом: Брестский договор сорван, война с Германией неизбежна, пусть будет и здесь так, как на Украине, мы уйдем в подполье; коммунисты могут оставаться у власти, но должны перестать лакействовать перед Германией, которая займет Россию до Волги; Муравьев уже идет на Москву, латыши 1-го стрелкового полка и солдаты Покровских казарм перешли на их сторону, с ними и отряд Я.К. Венглинского, авиационные части и две тысячи донских казаков, все Замоскворечье, рабочие и красноармейцы Москвы.

Дзержинский им ответил, что они выполняют желания и планы английских и французских банкиров и являются предателями и изменниками революции. Из другой комнаты вышла Спиридонова и, чтобы поддержать настроение матросов, обратилась к ним с речью, указав, что большевики являются изменниками революции, так как они лакействуют перед немцами, выполняя их волю.