В.И. Ленин поручил Л.Д. Троцкому и Ф.Э. Дзержинскому «назначить расследование через ВЧК»[679].

25 сентября 1919 г. в Москве раздался взрыв в Леонтьевском переулке (ныне ул. Станиславского, д. 18), в здании МК РКП(б) (быв. особняке графини Уваровой). Взрыв в Леонтьевском переулке был местью анархистов-махновцев за своих командиров, расстрелян большевиками в Харькове.

Во время совещания ответственных партийных работников, пропагандистов и агитаторов (около 100—120 чел.) анархистом П. Соболевым брошена полуторапудовая бомба большой разрушительной силы в зал заседания. От взрыва рухнули стены и потолок зала. Погибло 12 человек, в том числе и секретарь МК В.М. Загорский, ранены 55 человек, среди них Е.М. Ярославский, А.Ф. Мясников, М.С. Ольминский, М.Н. Покровский и другие видные партийные и советские работники. Дзержинский к месту взрыва прибыл одним из первых. Пожарные уже тушили пламя. Поднятая по тревоге дежурная часть батальона ВЧК установила оцепление. Все силы МЧК Дзержинский бросил на розыск преступников. Вскоре выяснилось, что взрыв подготовлен и осуществлен контрреволюционной организацией – «Всероссийский повстанческий комитет революционных партизан», в который входили «анархисты подполья» и группа левых эсеров, возглавляемая Д. Черепановым. Во главе «комитета» или «штаба» стоял анархист Казимир Ковалевич. В ходе следствия выяснилось, что анархисты готовили взрыв в Кремле и несколько терактов, приуроченных ко второй годовщине Октябрьской революции. В ходе допросов выяснилось, что типография и «штаб» находятся на даче в Краскове по Казанской железной дороге. МЧК выявила в Москве несколько конспиративных квартир, установила за ними наблюдение, организовала засады и окружила дачу. При аресте анархисты оказали вооруженное сопротивление и взорвали себя. А метнувший бомбу скрылся через окно, но был выслежен на улице и убит в перестрелке[680].

После теракта 25 сентября 1919 г. МЧК полностью ликвидировала шпионскую сеть, созданную в Москве и Подмосковье агентами Деникина и интервентами, в том числе и «Штаб добровольческой армии Московского района».

В октябре 1919 г. снова обращено внимание чекистов на борьбу с дезертирством. Дзержинский и Валобуев подписали приказ, которым борьба с дезертирством в губерниях была возложена на губЧК и войска ВОХР. При губЧК предлагалось образовать «стол по борьбе с дезертирством. На означенный стол от Комдезертира взять все материалы о положении дезертиров в губернии, сведения о неявившихся по мобилизации, место пребывания, скопления дезертиров и немедленно организовать разведку»[681].