13 июня 1920 г. Дзержинский подписал приказ о создании первой легкой подвижной ударной группы для преследования банд Махно, и вскоре образовано еще 5 сильных маневренных отрядов. 25 июня 1920 г. Дзержинский писал Ксенофонтову из Харькова: «Надеюсь, что скоро удастся мне сплотить особую военную группу для борьбы с Махно, – тогда сумел бы на некоторое время приехать в Москву»[686]. На следующий день в письме к В.И. Ленину о положении на Украине он отметил: «…В области моей специальности здесь обильный урожай… Громадной помехой в борьбе – отсутствие чекистов-украинцев. С Махно мне не везет. С ним можно было скоро расправиться, имея конницу. У меня её не было. Только теперь удается мне сколотить полк из эскадронов, которые удалось выклянчить. Надеюсь через неделю пустить этот полк в действие»[687].

В октябре 1920 г. в Харькове подписано соглашение между Махно и командованием Южного фронта о совместных действиях против врангелевцев. Конный отряд махновцев из 2 тыс. чел. участвовал в освобождении Крыма.

18 ноября 1920 г. Политбюро ЦК РКП(б), обсудив вопрос «О борьбе с махновщиной», поручило Дзержинскому «как особо важную задачу принять экстренные меры для полного обезвреживания отряда Махно и махновщины, находиться все время в полном контакте с т. Троцким». Доклад Дзержинского в Политбюро был назначен через 2 недели[688].

Меры, предложенные Политбюро, были необходимы, потому что Махно отказался выполнить требование советского командования о переброске его отрядов на Кавказ и издал секретный приказ о подготовке захвата ряда городов. Этот приказ перехватили чекисты, и в ночь на 25 ноября Цупчрезвычком Украины потребовал от всех губчека арестовать махновцев. Ряд из них арестован органами ЧК в Харькове и направлен в ВЧК.

27 ноября и Дзержинский отдал распоряжение В.А. Балицкому о немедленном аресте анархо-махновцев на территории Украины, а главарей секретно препроводить в Москву. Для этого привлечь все силы ВНУС, ЧК, особых отделов и фронта, чтобы разоружить и ликвидировать банды анархистов «одним коротким ударом, как было сделано Москве в 18 году, сломав самым беспощадным образом всякое сопротивление»[689]. Вместе со Склянским они направили телеграмму в РВС Южного фронта о том, что недопустима эвакуация врангелевцев с полуострова, так как может привести к возникновению эпидемий. Они предложили немедленно принять решительные меры для прекращения эвакуации пленных из Крыма без предварительной санитарной обработки и установления в нужных случаях карантина; сообщить о количестве военнопленных, часть их распределить в районе Южного фронта, других – эвакуировать на север; срочно принять меры, чтобы ни один эшелон и даже отдельное лицо не проникали пока на север без указания центра, в отношении белья, обмундирования и мыла принять во внимание невозможность срочной помощи центра, а поэтому всемерно использовать местные средства; чрезвычайной военно-санитарной комиссии принять меры для обеспечения участия санитарных органов в эвакуации; иметь в виду, чтобы эпидемия ни в коем случае не должна быть занесена в армию, за что отвечает чрезвычайная санитарная комиссия Южного фронта[690].