В осенние дни 1919 г. началось новое и последнее наступление деникинской армии. Конница генерала Мамонтова прорвала фронт и вышла в тыл частям Красной армии. Белогвардейцы захватили Харьков, Воронеж, Орел и продвигались к Москве. 4 сентября 1919 г. в столице было объявлено военное положение. Вся власть сосредоточилась в руках Комитета Обороны, в состав которого вошел от ВЧК Ф.Э. Дзержинский[682].

В начале 1920 г. Дзержинский снова в центре событий. На севере Башкирии вспыхнуло восстание против советской власти. Положение в республике осложнилось из-за попытки руководителей Башкирского ревкома разгромить обком РКП(б). 16 февраля 1920 г. в ЦК РКП(б) председатель ВЧК сделал доклад о политическом положении в Башкирии. ЦК возложил на него борьбу с контрреволюцией в этой республике, а Артем (Ф.А. Сергеев) назначен уполномоченным ВЧК по борьбе с башкирской контрреволюцией.

На следующий день Дзержинский направил телеграмму представителю ЦК РКП(б) в Башкирской республике Ф.А. Сергееву (Артему), сообщив ему, что в Башкирии при содействии эсеров и антисоветских агентов действуют контрреволюционные силы. Это подтверждено письмом правого эсера В.М. Чернова и бюллетенями партии правых эсеров, в которых указано на желание этой партии создать «третью силу» Гражданской войны, объединить национальные республики Запада, Кавказа, Украины и Востока для борьбы с Советским правительством. Все ЧК и особые отделы, находившиеся на территории Башкирии и прилегающих к ней губерний, Дзержинский полностью подчинил Артему. Ему было предложено немедленно принять следующие меры: показать населению, что все попытки контрреволюционных агентов: белогвардейцев, правых эсеров и т.п., стремящихся поднять население Башкирии против Советской республики, натолкнутся на беспощадные репрессии со стороны ВЧК; повести твердую политику и заставить местные власти немедленно арестовать и выдать всех активных и пассивных действующих лиц, замешанных и подозреваемых в контрреволюционной деятельности; приступить к сбору материалов о башкирской контрреволюции; установить и сообщить, где и какие находятся части войск ВНУС (род оружия, боеспособность) и привести их в боевую готовность; «твердой рукою карать всех контрреволюционеров, не останавливаясь перед применением высшей меры наказания через специально устроенные полевые трибуналы»: копии материалов о контрреволюционерах высылать с нарочным председателю ВЧК, с которым поддерживать связь по телеграфу не менее двух раз в неделю, а записками сообщать о ходе событий; особое внимание обратить на русских переселенцев, осевших в Башкирии, которые используются контрреволюцией. Разъяснять усиленной агитацией среди местного населения политику правительства, указывая, что «РСФСР с должным вниманием и уважением относится и будет относиться к независимой Советской Башкирии, но в то же время железной рукой бороться со всеми контрреволюционными элементами, правыми эсерами и их попытками использовать республику в своих целях. А РСФСР «будет защищать всеми имеющимися у нее средствами Башреспублику от контрреволюционных авантюр».