В представлении Бора секретность являлась злом. Зная Капицу и других русских физиков, Бор полагал, что они и сами в состоянии предвидеть военные последствия расщепления атомов урана. Он даже увидел в письме Капицы намек на то, что Советы пронюхали об англо-американской атомной программе и что русские начнут питать недобрые подозрения, если сделают вывод, что новое оружие разрабатывается по секрету от них. Другие физики Лос-Аламоса соглашались с ним. Роберт Уилсон «приставал» к Оппенгеймеру с вопросами, почему в Лос-Аламосе работают английские ученые, но нет русских. «Мне казалось, что в нижнем звене, — говорил Уилсон, — на этот счет накопилось много непонимания». К концу войны стало ясно, что Оппенгеймер тоже разделял эту точку зрения, однако во время войны, зная, что находится под постоянным наблюдением, он осторожничал и всегда отказывался участвовать в подобных дебатах. Он либо не отвечал вообще, либо бормотал, что решение таких вопросов не в компетенции ученых. «Как знать, — говорил потом Уилсон, — возможно, он думал, что я его проверяю».

Можно было не сомневаться, что взгляды Бора не понравятся генералам и политикам, дающим поручения ученым. Например, генерал Гровс никогда не считал русских союзниками. В 1954 году на слушании в Комиссии по атомной энергии он заявил, что «уже через две недели после того, как я возглавил проект, у меня исчезли всякие сомнения насчет того, что Россия — наш враг, и с этой позиции я руководил проектом. Мое мнение расходилось с бытующим в стране, будто Россия наш верный союзник». Уинстон Черчилль имел насчет Советов такое же мнение и пришел в ярость, узнав от британской разведки о переписке между Капицей и Бором. «Как случилось, что он [Бор] был привлечен к делу? — воскликнул Черчилль в присутствии своего советника лорда Черуэлла. — Мне кажется, Бора следовало бы заключить в тюрьму или в любом случае предупредить, что он находится на грани преступления, караемого смертной казнью».

Несмотря на личные встречи с Рузвельтом и Черчиллем весной и летом 1944 года, Бор не смог убедить ни одного из лидеров в недальновидности англо-американской монополии на ядерные исследования. Гровс позднее сказал Оппенгеймеру, что Бор «временами был шилом в одном месте у всех, кто с ним имел дело, — возможно, из-за слишком большого ума». Как ни странно, снижение влияния Бора на политическое руководство сопровождалось ростом его авторитета среди физиков Лос-Аламоса. В который раз Бор был богом, а Оппи — его пророком.

Бор приехал в Лос-Аламос в декабре 1943 года, встревоженный встречей с Гейзенбергом, на которой узнал о перспективе создания бомбы немцами. А весной покинул Лос-Аламос в уверенности, что, по сведениям разведки, немцы скорее всего не имели эффективной программы создания бомбы. «Судя по утечкам информации о деятельности немецких ученых, — заметил он, — практически нет никаких сомнений в том, что страны оси не достигли существенного прогресса». Если уж Бор был убежден, то Оппенгеймер и подавно должен был понять, что немецкие физики, скорее всего, намного отстали от американцев. По свидетельству Дэвида Хокинса, генерал Гровс в конце 1943 года передал Оппенгеймеру, что немецкий источник недавно сообщил о прекращении немцами первоначальной программы разработки атомной бомбы. Гровс подчеркнул, что эти сведения трудно проверить — источник мог подбросить дезинформацию. Оппенгеймер лишь пожал плечами в ответ. Хокинс запомнил свои мысли на этот счет: слишком поздно, люди в Лос-Аламосе были «полны решимости создать бомбу независимо от успеха или неуспеха немцев».