Парсонс не мог успокоиться из-за воображаемой потери контроля над отделом боеприпасов и в сентябре направил Оппенгеймеру служебную записку, предлагая передать ему широкие полномочия по всем вопросам проекта имплозивной бомбы. Оппенгеймер ответил вежливым, но твердым отказом: «Полномочия, о которых, как я понимаю, вы просите, я вам передать не могу, потому как не имею их сам. Если быть точным, я не уполномочен, что бы там ни говорилось в регламенте, принимать решения, если их не поймут и не одобрят квалифицированные ученые лаборатории, которым их потом придется исполнять». Как человек военный, капитан ВМС Парсонс хотел бы, чтобы начальство пресекало лишнюю болтовню среди подчиненных. «Вас, как вы говорите, беспокоит, — писал ему Оппенгеймер, — что ваше положение в лаборатории может потребовать вашего участия в пространных дискуссиях для того, чтобы прийти к общему мнению, от которого зависит успех работы. Никакие мои письменные распоряжения не в состоянии отменить эту необходимость». Ученые должны пользоваться свободой дебатов, и Оппенгеймер вмешивался в них лишь для того, чтобы прийти к коллегиальному консенсусу. «Я не предлагаю устраивать лабораторию таким образом, — сообщил он Парсонсу. — Таким образом она устроена уже сейчас».

В разгар кризиса, связанного с выбором конструкции плутониевой бомбы, в Лос-Аламос с очередным визитом приехал Исидор Раби. Он запомнил угрюмую атмосферу на заседании ведущих ученых и дебаты о срочной необходимости найти способ, который заставил бы плутониевую бомбу работать. Вскоре разговор перекинулся на противника. «Кто эти немецкие ученые? Мы всех их знали в лицо», — вспоминал Раби.

«Чем они были заняты? Мы перебрали все до мелочей, возвращаясь к истокам наших разработок и пытаясь найти, в чем немцы могли оказаться умнее, где вынести более здравое суждение, как могли избежать той или иной ошибки. <…> Мы, наконец, пришли к выводу, что они могли догнать и даже перегнать нас. И здорово приуныли. Откуда мы могли знать, чего добился противник? Нельзя было терять ни дня, ни недели. А потеря месяца вообще могла обернуться катастрофой». В середине 1944 года Филип Моррисон подытожил общее настроение: «Войну мы могли проиграть уже потому, что не справились с работой».

Несмотря на реорганизацию, группа Кистяковского к концу 1944 года так и не смогла изготовить кумулятивные заряды (так называемые линзы), которые с абсолютной точностью одновременно сжали бы неплотный шар из плутония размером с грейпфрут в меньший шар размером с мяч для гольфа. Без таких линз изготовить имплозивную бомбу не представлялось возможным. В январе 1945 года вопрос горячо обсуждался Парсонсом и Кистяковским в присутствии Гровса и Оппенгеймера. Кистяковский настаивал, что без линз взрыва не получится, и обещал, что он с коллегами вскоре их изготовит. Поддержав его, Оппенгеймер принял важное решение, которое привело к успеху проекта. За несколько месяцев Кистяковский и его группа усовершенствовали схему имплозии. В мае 1945 года Оппенгеймер больше не сомневался, что плутониевая «штучка» сработает.