На следующий день, 18 июля, Оппенгеймер представил свои выводы в сжатой форме генералу Гровсу: «Мы вкратце взвесили возможность электромагнитной сепарации. <…> По нашему мнению, это принципиально допустимый метод, однако связанные с ним разработки ни в коей мере не укладываются в нынешние представления о графиках работ. <…> В свете вышеприведенных фактов представляется оправданным прекратить интенсивные усилия, направленные на достижение более высокой чистоты плутония, и перенести внимание на варианты конструкции, не требующие для своего успеха низкого нейтронного фона. На данный момент вариантом, заслуживающим считаться первоочередной задачей, является имплозивный метод».

Помощник Оппенгеймера Дэвид Хокинс впоследствии объяснял: «Имплозия давала единственную надежду [на создание плутониевой бомбы], причем, судя по имеющимся основаниям, не очень твердую». Неддермейер и его коллеги из отдела боеприпасов очень мало продвинулись в разработке имплозивной конструкции. Неддермейер, застенчивый человек предпенсионного возраста, любил работать методично и в одиночку. Он потом признал, что Оппенгеймер «проявлял весной 1944 года жуткое нетерпение. <…> Мне кажется, он был недоволен тем, что я не рвался вперед, как требовалось от исследователя в военное время, а действовал, как если бы исследования шли в нормальной обстановке». К тому же Неддермейер был одним из немногих на «холме», на кого обаяние Оппенгеймера не действовало. В раздражении Оппи начал терять терпение, что для него было нехарактерно. «Оппенгеймер взъелся на меня, — вспоминал Неддермейер. — Многие смотрели на него как на источник мудрости и вдохновения. Я уважал его как ученого, но не заглядывал ему в рот. <…> Он мог тебя оборвать и смешать с землей. С другой стороны, я, возможно, действовал ему на нервы». Подогреваемый личным конфликтом кризис, связанный с имплозивной конструкцией бомбы, пришел к развязке в конце лета, когда Оппенгеймер объявил о проведении обширной реорганизации лаборатории.

В начале 1944 года Оппенгеймер склонил к переезду в Лос-Аламос гарвардского эксперта по взрывчатым веществам Георгия Кистяковского по прозвищу Кисти. Кистяковский отличался категоричностью и непреклонной волей. У него сразу же начались стычки с формальным начальником — капитаном Дики Парсонсом. С Неддермейером Кистяковский тоже не ужился, пожилой ученый выглядел в глазах Кисти размазней. В начале 1944 года Кистяковский направил Оппенгеймеру письмо, угрожая своим увольнением. В ответ Оппенгеймер немедленно вызвал Неддермейера и поставил его в известность, что Кистяковский назначается на его место. Неддермейер вышел из кабинета вне себя от возмущения и обиды. Испытывая «непреходящее ожесточение», он тем не менее поддался на уговоры и остался в Лос-Аламосе в качестве старшего технического советника. Оппенгеймер поступил решительно и объявил о новом назначении, не проконсультировавшись с капитаном Парсонсом. «Парсонс пришел в ярость, — вспоминал Кистяковский. — Он решил, что я вступил в сговор у него за спиной, и не простил обиды. Я прекрасно понимаю его чувства, но я был гражданским лицом, Оппи тоже, и мы не были обязаны просить у него разрешения».