О начале войны Михаил узнал 22 июня из обращения по радио Молотова. Он тут же примчался из Болшева в Москву. Домой забежал буквально на несколько минут и — на службу. В Комитете все были в сборе. Царила тревожная атмосфера, суматоха. Утром следующего дня было объявлено: создана Ставка Главного командования, Ворошилов назначен её членом. С тех пор он редко появлялся в Комитете, находился на различных заседаниях и совещаниях, проводившихся на самом высоком уровне.
27 июня Ворошилов в срочном порядке отбыл в Могилёв по решению Ставки. Немецко-фашистские войска там совершили глубокий прорыв на флангах советской обороны и угрожали окружением нашим частям в районе Гродно — Белосток — Вельск. Требовалось создать новые оборонительные рубежи на Березине и Днепре и задержать на них гитлеровские полчища.
В тесной связке с Ворошиловым работал маршал Шапошников. Он принял участие в разработке плана обороны Могилёва, в подготовке мероприятий по развёртыванию партизанской борьбы в тылу немецко-фашистских войск на территории областей Белоруссии, захваченной оккупантами.
Из Могилёва Ворошилов вернулся 1 июля. Поставленная задача Ставкой в основном была выполнена. Возведённые оборонительные рубежи сыграют свою положительную роль. Но ненадолго, остановить рвавшиеся вглубь страны до зубов вооружённые гитлеровские орды удастся нескоро.
За два дня до возвращения Ворошилова в столицу, 30 июня, совместным постановлением Президиума Верховного Совета СССР, Совнаркома и ЦК ВКП(б) был образован Государственный Комитет Обороны (ГКО) в составе председателя И. В. Сталина, заместителя председателя В. М. Молотова, членов — К. Е. Ворошилова, Г. М. Маленкова и Л. П. Берии.
Комитет обороны при СНК СССР был упразднён, секретариат Ворошилова пока сохранялся.
10 июля ГКО назначил маршала Ворошилова главнокомандующим войсками Северо-Западного направления. В тот же день он отправился в Ленинград специальным поездом, взяв с собой полковника Щербакова, подполковника Китаева и старшего лейтенанта Петрова. Остальные работники секретариата остались в Москве, они должны были держать с маршалом связь по неотложным делам...
Главные командования войск направления (ГКВН)[296] появились в начале июля для временного стратегического управления вооружёнными силами на театре войны. Борьба на советско-германском фронте приобрела огромный размах, немцы форсировали своё наступление. В этой ситуации руководить войсками непосредственно из Ставки стало трудно. Поэтому Государственный Комитет Обороны принял решение создать три главных командования: возглавили их маршалы Советского Союза. Деятельность командований координировалась Ставкой Главного командования (10 июля она была переименована в Ставку Верховного командования).