Итак, регент начал действовать. Марию сразу же отдалили от брата и от королевского двора. Она постоянно переезжала с места на место: из Хейверина, старой резиденции Эдуарда в Эссексе, в Вонстид-Хаус, затем в Нью-Холл, после него в замок Фрамлингэм в Норфолке, располагавшийся рядом с поместьем, которое теперь обеспечивало ей скромную ренту. С Екатериной Парр Мария теперь виделась очень редко, как до ее замужества за Томасом Сеймуром, так и после, а от двора была отдалена настолько, что посол императора, Франсуа Ван дер Дельфт (Шапюи покинул Англию в 1545 году), с большим трудом организовывал с ней встречи. Его очень расстроило, что принцессу при дворе «невысоко ценят», а после смерти Генриха регент в течение нескольких дней ничего ей не написал и не нанес визита.

Когда Ван дер Дельфту в июле 1547 года наконец удалось пообщаться некоторое время с Марией, он обнаружил, что принцесса, чтя память отца, удалилась на положение полузатворницы. Примерно в это же время она написала, что «отец по-прежнему переполняет все ее воспоминания», а Ван дер Дельфту объяснила, что из почтения к памяти Генриха пока решила не участвовать в развлечениях. Для посла она сделала исключение и настояла, чтобы он с ней поужинал. Мария без колебаний доверилась преемнику Шапюи. «Она, кажется, имела ко мне полное доверие», — написал он впоследствии, и, хотя их разговор был вполне обычным, он оценил открытость Марии и отсутствие официальности. Они говорили о ее ренте, которую Ван дер Дельфт счел довольно низкой с учетом положения наследницы престола; о завещании отца, в подлинности которого она сомневалась, но, разумеется, ничего не могла доказать; о размерах ее приданого, которые были ей не известны; и, наконец, о браке Екатерины Парр с Томасом Сеймуром. Мария спросила Ван дер Дельфта, что он обо всем этом думает, и тот, произнеся несколько вежливых фраз, заметил, что ходят слухи, будто бы вначале адмирал предполагал жениться на Марии. Она рассмеялась, сказав, что «видела его всего только раз», да и то они «не обменялись ни единым словом». Было ясно, что это предположение она серьезно не воспринимает.

Адмирал же в стремлении перехитрить самого себя, видимо, перестарался. Женившись на Екатерине Парр без одобрения регента и Совета, он вызвал их серьезное неудовольствие. Затем за спиной брата принялся оказывать давление на Эдуарда. Было известно, что он пытается найти в законе прецедент, согласно которому в прошлом при малолетнем короле один его дядя правил королевством, а другой опекал лично короля. Этим он занимался примерно год и частично преуспел, зато нажил в Совете много врагов. Потом Томас попытался использовать ранг своей жены как вдовствующей королевы, но единственным результатом этих попыток стала жестокая конфронтация между Екатериной и упрямой герцогиней Сомерсет. Он интриговал против регента, который хотел женить юного короля на Марии Шотландской. Томас Сеймур приложил много усилий в стремлении выдать за Эдуарда свою кузину Джейн Грей, дочь Эдуарда Грея, которая воспитывалась в доме адмирала. Он многое еще пытался предпринять, пока не получил по заслугам: адмирала Томаса Сеймура обвинили (в значительной степени справедливо) в коррупции таких невиданных размеров, что это даже по тем временам казалось чудовищным.