Но вот наступил 1881 г. Тело Александра II, Царя-освободителя, лежит в Петропавловском соборе, а его второй сын и ученик Победоносцева взошел на трон. В первые же часы после покушения Константин Петрович отправляет Александру записку, в которой спешит направить его на нужный путь. Он пишет, что Александр оказался на троне не иначе, как по Божьей воле: «…думая об Вас в эти минуты, что кровав порог, через который Богу угодно провести Вас в новую судьбу Вашу, вся душа моя трепещет за Вас страхом неизвестного грядущего по Вас и по России, страхом великого несказанного бремени, которое на Вас положено. Любя Вас, как человека, хотелось бы, как человека, спасти Вас от тяготы в привольную жизнь; но нет на то силы человеческой, ибо так благоволил Бог. Его была святая воля, чтобы Вы для этой цели родились на свет и чтобы брат Ваш возлюбленный, отходя к Нему, указал Вам на земле свое место. Народ верит в эту волю Божию, — и по Его велению возносит надежду свою на Вас и на крепкую власть, Богом врученную Вам. Да благословит Вас Бог. Да ободрит Вас молитва народная, а вера народная да даст Вам силу и разум править крепкою рукою и твердой волей. Вам достается Россия смятенная, расшатанная, сбитая с толку, жаждущая, чтобы ее повели твердою рукою, чтобы правящая власть видела ясно и знала твердо, чего она хочет, и чего не хочет и не допустит никак. Все будут ждать в волнении, в чем Ваша воля обозначится. Многие захотят завладеть ею и направлять ее. Простите, что в эти скорбные часы прихожу к Вам со своим словом: ради Бога в эти первые дни царствования, которые будут иметь для Вас решительное значение, не упускайте ни одного случая заявлять свою личную решительную волю, прямо от Вас исходящую, чтобы все слышали и знали: “Я так хочу”, или “Я не хочу этого”». 29 апреля 1881 г. выходит правительственный манифест о незыблемости самодержавия, написанный Константином Петровичем Победоносцевым.

Но Победоносцев прекрасно понимал, что одними воззваниями к народу новый император не победит своих врагов. «Искоренением гнусной крамолы» должна заняться полиция, и она занялась им со всем рвением. Только с 1881 по 1888 гг. рассмотрено 1500 политических дел; всего подверглось наказанию 3046 человек, из них приговорено к смертной казни 20, на каторжные работы — 128, к ссылке в Сибирь — 681, к ссылке под надзор полиции в Европейскую часть России — 1500, другим, более мягким наказаниям подверглись 717 человек.

Сам же Константин Петрович решает обратить пристальное внимание на «доброе воспитание детей». Современники вспоминают, что Победоносцев любил встречаться с детьми, держался с ними просто и ласково и «радовался их радостью». Но будучи чиновником, он заботился о детях административными средствами — провел реформу церковно-приходского образования и начальных народных училищ, разумеется, под эгидой «утверждения в народе религиозных и нравственных понятий». Реформа Победоносцева полностью подчинила церковноприходскую школу церковным властям, выведя ее из-под юрисдикции Министерства народного просвещения. За период, когда Константин Петрович находился на посту обер-прокурора, число церковно-приходских школ увеличилось в 10 раз, а количество учащихся в них — в 20 раз, и к началу следующего века около 25 процентов крестьян были грамотны.