Что касается бригады П.Е. Дыбенко, то 561-й полк, выйдя на лед и пройдя по нему всего полторы версты, дружно повернул обратно… Из политдонесения: “Во время первого штурма Кронштадта 7–8 марта товарищ Дыбенко приказал развернуть вторую цепь и стрелять по возвращавшимся. Принимал репрессивные меры против своих красноармейцев, дабы дальше заставить наступать”.
При подготовке ко второму штурму численность войск была доведена до 24 тысяч штыков. Атаковать предполагалось сразу с двух сторон, с севера от Сестрорецка и мыса Лисий нос и с юга, из района Ораниенбаум. Что касается Дыбенко, то он находился при южной группе. В действующие части для усиления направили около 300 делегатов X-го съезда партии, 1114 коммунистов и три полка “красных курсантов”. Была проведена разведка, подготовлены белые маскхалаты, доски и решётчатые мостки для преодоления ненадёжных участков ледяной поверхности.
Во время подготовки ко второму штурму и штурма 8-17 марта П.Е. Дыбенко был “за проявленную большевистскую стойкость” повышен в должности и назначен командиром сводной дивизии, в которую, помимо его 187-й бригады, вошла 33-я стрелковая бригада и ряд частей 56-й дивизии. Сводная дивизия явилась ударным кулаком группы войск наступавших на Кронштадт с южного берега Финского залива. Подчиненные Дыбенко атаковали Кронштадт на участке от Ораниенбаума до Мартышкино. Несмотря на активное выявление в полках и частях дивизии в преддверии второго штурма антибольшевицких элементов, часть красноармейцев снова отказалась выходить на лед и идти убивать своих братьев-матросов. Отказников уводили подальше на берег и тут же расстреливали.
15 марта вместе с К.Е. Ворошиловым и Г.Л. Пятаковым, П.Е. Дыбенко выступил на митинге трех полков своей дивизии. Свое выступление он закончил словами: “Даешь Кронштадт!” Ура, товарищи!”
Второй штурм начался в ночь на 17 марта 1921 года. До начала боя атакующие сумели скрытно занять форт № 7 (он оказался пустым). Однако форт № 6 оказал ожесточённое сопротивление. Форт № 5 сдался после начала артиллерийского обстрела, однако соседний форт № 4 держался несколько часов и в ходе его штурма атакующие понесли тяжёлые потери. С тяжелыми боями войска овладели также фортами № 1, № 2, «Милютин» и «Павел», однако батарею «Риф» и батарею «Шанец» защитники покинули до начала штурма и по льду залива ушли в Финляндию. В середине дня 25 советских самолетов совершили налёт на линкор «Петропавловск». После захвата фортов, красноармейцы ворвались в крепость, начались ожесточённые уличные бои, однако к 5 часам утра 18 марта сопротивление кронштадтцев было сломлено.