Беспокойство Ленина по поводу строгой конспирации в деятельности специальных структур Оперотдела вызывалось тем, что официально между Россией и Германией был заключен мир. Партизанские отряды по мере возможности снабжались оружием, боеприпасами, взрывчаткой, деньгами и специалистами, имевшими значительный опыт подпольной работы.
По прямому указанию Ленина при Особом разведывательном отделении была создана школа подрывников, ее начальником назначили опытного партийного подпольщика и специалиста по активной разведке Ковригина. Обучение в школе проходили не только прибывавшие с Украины партизаны, но и специально отбиравшиеся кадры из России. В курс обучения входили военная, политическая разведывательная, разнообразная специальная и политическая подготовка. Для проведения практических занятий в распоряжении учеников школы имелись разнообразное стрелковое оружие, специальное снаряжение и даже артиллерийские орудия. Финансирование школы и ее выпускников нелегально осуществлялось в советской и иностранной валюте.
В мае 1918 года сотрудники ВЧК с помощью добровольных заявителей и помощников, а не секретных агентов (!) раскрыли законспирированную офицерскую организацию «Союз защиты Родины и свободы», возглавлявшуюся Б. В. Савинковым. Один из руководителей организации А.А. Дикгоф-Деренталь впоследствии писал: «Союз к этому времени обладал достаточными силами для того, чтобы неожиданным выступлением захватить Москву… Захватить наиболее важные стратегические пункты страны, арестовать Совет народных комиссаров и т. д. не представляло особых трудностей именно в тот момент. Но, захватив город, нужно еще было в нем суметь продержаться… Первое было чрезвычайно трудно ввиду присутствия в Москве значительного числа организованных и вооруженных германских военнопленных, негласно находящихся под командой германских офицеров, и особенно ввиду возможности немедленного движения на Москву регулярных германских войск…»[14]
В декабре 1918 года в ВЧК был создан Военный отдел, в ведение которого из Регистрационного управления передана вся контрразведывательная работа в Вооруженных силах. В январе 1919 года появляется Особый отдел ВЧК для борьбы с контрреволюцией и шпионажем в армии и на флоте. Решение о передаче контрразведывательной работы в армии чекистам стало следствием серьезной внутрипартийной и межличностной борьбы в верхних эшелонах РКП(б). Аппарат особых отделов не только выполнял контрразведывательные функции, но и надзирал за лояльностью командного состава Красной армии. К тому времени Л. Д. Троцкий привлек на службу в Красную армию десятки тысяч бывших царских офицеров, но не все из них служили большевикам из принципиальных соображений. Случаи измены военнослужащих, перехода на сторону белых целых подразделений были нередки. В июле 1919 года арестовали на восемь месяцев главнокомандующего Вооруженными силами Республики бывшего полковника русского Генерального штаба И.И. Вацетиса. Ожесточенная борьба за военную контрразведку между группировками Троцкого и Дзержинского фактически являлась борьбой за информацию о настроениях в Красной армии. В форме особых отделов руководство РКП(б) постепенно восстановило в армии систему органов политической полиции, бездумно ликвидированную в свое время не блиставшим политической прозорливостью российским императором Николаем II.