Принятые Политбюро решения вносились в пронумерованные протоколы, которые существовали в двух вариантах. В общих протоколах, как правило, отмечались все принятые решения, но тексты решений с грифом «Особая папка» (особо важные, деликатные решения) не печатались полностью — давалось лишь их короткое описание. Полный же текст таких решений давался в отдельном протоколе с соответствующим грифом.
После принятия решения по записке Л. П. Берии текст его, как полагалось, был зафиксирован как пункт 144 в протоколе решений Политбюро № 13 за 1940 г. с грифом «Особая папка». Страницы с этим текстом были изъяты из протокола на хранение в закрытом пакете по указанию начальника Общего отдела К. У. Черненко 04.03.1970, что, видимо, и было датой создания самого первого закрытого пакета (по сути, создан новый, высочайший гриф секретности, выше «Особой папки»). Взамен изъятых листов были вставлены новые, в которых был убран текст пункта 144.
Наименее информированные отрицатели вроде Ю. М. Слободкина удивлялись тому, что пункты в листах протокола следуют не подряд, из чего следует, что они не имели понятия о вышеизложенных основах делопроизводства Политбюро. Только некоторые пункты заседаний Политбюро относились к «Особой папке» и всегда следовать друг за другом в принципе не могли. Понятно, что остальные протоколы с решениями особой папки выглядят точно так же.
Как упоминалось выше, решения «Особой папки» кратко описывались и в общих протоколах. Для пункта 144 в общем протоколе № 13 значится: «144. Вопрос НКВД СССР. О.П.». В листах протокола «Особой папки», замещающих листы, изъятые в закрытый пакет, значится: «144. Вопрос НКВД. Сов. секретная О.П.». Среди инициативных документов к общим протоколам Политбюро имеется краткая справка к пункту 144 с надписью в правом углу: «зап[иска] т. Берии»[1131]. Этот комплекс «сопровождающих» документов подтверждает, что пункт 144 протокола № 13 был принят по записке Л. П. Берии, что он изначально содержался в особой папке, а затем был изъят и из нее.
Помимо протоколов с решениями Политбюро существовали также выписки из протоколов с отдельными решениями (или пунктами из них) для рассылки конкретным адресатам и для текущего делопроизводства. В закрытом пакете находились две выписки из протокола № 13 с решением Политбюро от 05.03.1940, напечатанные одновременно (одна из них как первый экземпляр, вторая — через копирку; печатные тексты идеально накладываются друг на друга). Согласно пометам на первом экземпляре, изначально было изготовлено четыре выписки.