Пограничные части редко выводились в резерв заблаговременно. Чаще всего их экстренно снимали с охраны тыла и бросали в бой в критические моменты операции. На подготовку к выполнению боевых задач на фронте времени, как правило, не отводилось. Нередко бывало и так, что заградотряды войск по охране тыла, сражаясь с немецкими танками, цепями автоматчиков, несли в боях больше потери[980]. Так, заградотряд 29-й армии Западного фронта из 118 человек, участвуя в одной из атак, потерял убитыми и ранеными 109 человек, после чего его пришлось переформировать. Всего же по состоянию на 1 апреля 1942 г. в войсках насчитывалось 3684 убитых и умерших от ранений, 35 298 пропавших без вести, 136 попавших в плен, 8240 раненых и обмороженных, 956 человек, выбывших по разным причинам[981].

Участие в боях подтвердило высокие боевые качества личного состава пограничных и внутренних войск, но, безусловно, тормозило организацию и развертывание охраны тылов фронтов и армий. Негативно сказывалась на положении полков и батальонов, особенно пограничных и оперативных войск, и передача в оперативное подчинение командирам объединений и соединений Красной армии. Поэтому необходимо было прекратить вредную практику проявления самовластия в отношении войск НКВД, находившихся в подчинении нач. охраны, тыла фронта, и немедленно возвратить в свои части взводы войск НКВД, не прикомандированные к ним приказом.

Руководство НКВД также было категорически против того, чтобы части войск НКВД, выходившие из окружения, направлялись в Красную армию. В телеграмме на имя генерал-майора Рогатина от 2 октября 1941 г. Аполлонов предложил принять энергичные меры по недопущению направления личного состава войск НКВД в Красную армию[982]. Отклонение пограничных войск от выполнения своих функциональных задач потребовало вмешательства и начальника ГУПВ НКВД СССР генерал-майора Н.П. Стаханова с указанием на то, чтобы командование войск НКВД вошло в Военный совет фронта с ходатайством о выводе частей из состава действующих на фронте и использовании их исключительно на выполнение задач по охране тыла[983].

Принятыми мерами было устранено недопонимание армейским командованием места и роли войск охраны тыла, усилено их взаимодействие. Общее решение СВГК о выводе из боя всех пограничных частей и переключение их на выполнение задач по охране тыла фронтов состоялось 15 декабря 1941 г. Однако случаи отвлечения войск по охране тыла продолжались, в том числе и на Карельском фронте. Поэтому в Генштаб Красной армии было направлено специальное представление. 4 марта 1942 г. нач. Генерального штаба Красной армии Б.М. Шапошников и нач. войск НКВД СССР, генерал-майор А.Н. Аполлонов дали указание Военному совету и нач. войск по охране тыла Карельского фронта об использовании войск НКВД. В нем говорилось: «В практике руководства оперативно-боевой деятельностью погранвойск по охране тыла Карельского фронта имели место факты, когда решениями Военного совета фронта без согласования с начальником пограничных войск НКВД СССР производились переформирования частей, использование частей и подразделений не по прямому назначению, перемещения и назначения начсостава погранвойск. Так, например: