В зафронтовой работе военной контрразведки важная роль отводилась оказанию всесторонней помощи партизанскому движению. ОО НКВД обеспечивали контрразведывательное ограждение партизанских отрядов от проникновения вражеских агентов и пособников оккупантов, принимали непосредственное участие в формировании партизанских отрядов и подпольных групп, организовывали их разведывательно-диверсионную работу, участвовали в обучении партизан и подпольщиков приемам конспирации и методам нелегальной работы.
Нельзя утверждать, что с конца июня 1941 г. весь советский народ в тылу врага поднялся на борьбу с оккупантам. В первые месяцы войны на захваченной врагом территории действовали в основном РДГ НКВД, которые назывались партизанскими, и отряды П. Судоплатова, служившие основой для создания объединений народных мстителей. Так их назвали, потому что они мстили нацистам за «новый порядок», сожженные села и города, за тысячи расстреляных, повешенных, поруганных. И именно в 1942, а не в 1941 г. был создан Центральный штаб партизанского движения. По мнению российского исследователя В. Боярского, «в течение 1941 года… 90 % партизанских отрядов, истребительных, диверсионных и разведывательных групп было подготовлено и оставлено в тылу врага или переброшено туда органами НКВД-НКГБ. Они же и руководили ими»[1043].
Но с первых дней войны создаются отряды и группы из местного населения, отступавших военнослужащих Красной армии по инициативе территориальных партийных и советских органов власти и спецслужб. Этот процесс шел по нарастающей и постепенно превратился во всенародное партизанское движение. Доклад наркома ГБ Белорусской ССР, комиссара ГБ 3 ранга Л.Ф. Цанава на имя наркома ВД дел Л.П. Берии и наркома госбезопасности В.Н. Меркулова свидетельствовал о том, что уже 26 июня 1941 г. руководством Белорусской ССР была начата работа по развертыванию партизанского движения на оккупированной территории «для нанесения поражения немецким войскам». К этому времени уже было создано 14 партизанских отрядов общей численностью 1162 человека в составе оперативных и руководящих работников НКГБ, работников НКВД и милиции. В конце июня-июле 1941 г. только в Ленинградской области сформировано и направлено в тыл врага шесть партизанских полков, 30 отрядов и групп общей численностью около 4800 человек[1044].
В дальнейшем в районах, которым угрожала опасность оказаться под оккупацией, как правило, партизанские отряды создавались заранее, до занятия территории немецкими войскам. Лишь в Орловской области на оккупированной территории было оставлено 39 партизанских отрядов численностью 2065 человек. А к концу 1941 г. довольно широкая сеть партизанских формирований была создана в Белоруссии, Карело-Финской ССР, Молдавии, в Ленинградской и Калининской областях. На оккупированной врагом территории действовало около 3500 партизанских отрядов и групп, насчитывавших 90 тыс. человек[1045]. В число отрядов, сформированных НКВД, входили не только отряды, руководимые сотрудниками НКВД, но и представителями партийно-советской номенклатуры (в том числе будущие знаменитые командиры Сидор Ковпак и Алексей Федоров). Таким образом высшее руководство НКВД стремилось доказать, что все без исключения партизанские отряды, подготовленные также и партийными органами Украины, создавались НКВД УССР или, по крайней мере, с его активным участием. Численность созданных отрядов в обоих случаях примерно равна, названы одни и те же фамилии командиров отрядов. Таким образом, большинство украинских отрядов создавалось при тесном сотрудничестве НКВД УССР и местных партийных организаций: обкомов, горкомов и райкомов КП (б) У. И выделить доминирующую, ведущую организацию в данном случае сложно: все зависело от ситуации на местном уровне, которая центральными органами контролировалась далеко не идеально.