Неукоснительно выполняя решения высшего политического руководства страны и тесно взаимодействуя с другими государственными структурами, с командованием фронтов, соединений и частей Красной армии, при поддержке населения, они решали свои специфические задачи. Мероприятия органов военной контрразведки по борьбе с дезертирами, изменниками Родины, с антисоветскими элементами, распространителями провокационных и панических слухов способствовали укреплению политико-морального состояния личного состава действующей армии, повышению боевой готовности частей и соединений советских войск. Попавший в советский плен бывший нач. отдела «Абвер-3», генерал-лейтенант Бентивеньи на допросе 28 мая 1945 г. положительно отозвался о деятельности ОО НКВД: «По нашей оценке, исходя из опыта войны, мы считали советскую контрразведку чрезвычайно сильным и опасным врагом. По данным, которыми располагал абвер, почти ни один заброшенный в тыл Красной армии немецкий агент не избежал контроля со стороны советских органов, и в основной своей массе немецкая агентура была русскими арестована, а если возвращалась обратно, то зачастую была снабжена дезинформационными материалами».
В начале войны как Красная армия, так и органы госбезопасности были ориентированы на деятельность в краткосрочном вооруженном конфликте. Но уже первые месяцы войны потребовали серьезной корректировки основных направлений деятельности контрразведки. И в центре внимания НКО, НКГБ и НКВД стали проблемы, вышедшие по своей значимости на первый план: борьба с паникой, дезертирством и изменой Родине, информирование политического руководства страны и военного командования, охраны тыла действующей армии о распространителях враждебных слухов и листовок, сохранение военной и государственной тайны и поддержание режима секретности, ликвидация антисоветских организаций и др. Борьба со шпионажем в первые месяцы войны отошла на второй план.
Анализ архивных документов и воспоминаний ветеранов военной контрразведки дает возможность ответить на вопрос, что же мешало более успешному выполнению ими служебных задач.
− ОО приходилось трудиться в чрезвычайных условиях, когда страна и органы безопасности не были готовы к широкомасштабной войне. Боевые действия на собственной территории для отражения агрессии не были интересны советскому руководству даже как тема для оперативной игры. Красноармейцам и командирам, как и сотрудникам военной контрразведки, воспитанным в духе непоколебимой веры в «мудрость вождя», непросто было разобраться в создавшейся обстановке, причинах жестоких неудач. Они не знали о вопиющей некомпетентности многих высших военачальников, пришедших на смену репрессированным военным профессионалам. Ничего им не было известно о крупных просчетах и грубых ошибках, допущенных военным руководством при подготовке армии к войне, а также при планировании, обеспечении и ведении операций по отражению возможной агрессии[1251]. Мы считаем, что летом 1941 г. поражение было закономерным, неизбежным.