−Неподготовленность личного состава ОО НКВД к ведению работы в военных условиях в связи со значительным возрастанием и сложностью новых задач: стали другими масштабы дезертирства и измены Родине, никто не предполагал, что более миллиона советских граждан окажется в рядах вермахта или в формированиях, созданных немцами, 600 тысяч «хиви» станут помощниками в немецких частях и подразделениях, появятся пособники нацистов на оккупированной территории.

Большие потери личного состава на начальном этапе войны, дезорганизация оперативной работы на фронте и в прифронтовой полосе.

Отрицательные последствия влияния некачественной работы СМИ. В начале войны они информировали население о героизме советских воинов и тружеников тыла, но сообщения о ходе сражений на фронтах носили «приглаженный характер». Недостоверная информация порождала слухи и неверие официальным сообщениям, антисоветские высказывания, а отсюда – ненужные дополнительные оперативные разработки и оперативный учет.

Помимо выполнения своих непосредственных обязанностей, предусмотренных положениями о каждом управлении и отделе, они решали и другие задачи, поставленные высшими органами власти и управления, вплоть до возвращения руководителей советского аппарата и партийных органов в селе и города, откуда те сбежали, бросив население на произвол судьбы.

Недооценка важности работы среди местного населения, тогда как его помощь была существенной, о чем свидетельствовали успехи истребительных батальонов и групп содействия в борьбе с парашютными десантами и диверсантами противника, поддержанию общественного порядка в прифронтовой полосе.

Органы военной контрразведки как составная часть советской политической системы подверглись коренному реформированию в первые месяцы войны. Этот процесс продолжался и в дальнейшем, но особенно он был болезненным в ее начале. Отступление армий, утрата военным командованием управления войсками, непредсказуемость развития событий, окружения, дезорганизация оперативной работы, а нередко и неразбериха не давали возможности чекистам сосредоточиться на решении главных задач. Трудности в их работе были вызванными и проведением мероприятий по мобилизационному развертыванию войск, эвакуацией населения, промышленных предприятий и учреждений.

В начале войны абвер по многим позициям переиграл особые отделы. В результате длительной и упорной борьбы отечественная контрразведка сумела перехватить инициативу у противника, создав надежную систему обеспечения безопасности частей и соединений Красной армии и войск НКВД, проникнуть в разведывательные службы и школы абвера. В сравнительно короткие сроки чекисты перестроили свою работу применительно к условиям военного времени и выработали новые формы и методы борьбы с подрывной деятельностью разведки нацистской Германии, разработали единую систему мер по выявлению и разоблачению агентов противника на стадии проникновения их как непосредственно в войска, так и в зону боевых действий. И вполне оправдали себя меры, основанные на умелом сочетании гласных и негласных методов борьбы с агентурой нацистских спецслужб и противниками советской власти. Установленные тесные связи между ОО и территориальными органами НКВД дали возможность повысить эффективность контрразведывательных мероприятий и направлять основные удары на наиболее уязвимые места вражеских спецслужб. Это способствовало укреплению политико-морального состояния личного состава действующей армии, повышению боевой готовности частей и соединений советских войск.