Бойня была учинена в еврейской больнице, где самые богатые евреи города нашли убежище под предлогом болезни. Больных расстреливали в койках, даже не давая им встать. Гестапо, украинская и литовская полиция и – по приказу властей – еврейская полиция собрали или арестовали всех прятавшихся евреев. Тех, кто не хотел покидать убежище, убивали на месте. Других сначала собирали во дворах, а затем отводили в еврейские молельные дома. Оттуда их перегоняли как скот на маленькие вокзалы и сажали в поезда, отправлявшиеся в Белжец.

Зачастую люди сопротивлялись и отказывались садиться в вагоны. В этом случае пьяные литовцы и украинцы, стоявшие в стороне, бросались на евреев, истязали их и в конце концов убивали самыми жестокими способами, а тела расчленяли на куски. Таким способом каждую ночь убивали тысячи евреев, вследствие чего через шесть недель из ста тысяч евреев в живых оставалось не более четырех тысяч.

Зрелище в люблинском гетто было неописуемым. Улицы были усеяны трупами, по водостокам текла кровь. Душераздирающие крики депортируемых потрясали христиан, свидетелей этих сцен, которые утверждали, что никогда не забудут этих кровавых дней. Дорога, которая вела к люблинскому железнодорожному узлу, тоже была загромождена трупами, которые христианское население должно было грузить на грузовики.