В условиях жесточайшего дефицита кадров 7 июля 1941 года состоялись закрытые судебные заседания Военной коллегии Верховного Суда СССР над Я. И. и П. Н. Серебрянскими. В тот же день, 7 июля, Яков Серебрянский и более десяти его сотрудников были приговорены к расстрелу, а Полина Серебрянская осуждена на 10 лет лагерей.

Но пока осужденные дожидались исполнения приговора, в силовых ведомствах снова произошли изменения. Двадцатого июля 1941 года Указом Президиума Верховного Совета СССР НКВД и НКГБ объединили в единый Народный комиссариат внутренних дел. Народным комиссаром внутренних дел СССР остался Л. П. Берия, а нарком госбезопасности В. Н. Меркулов стал его первым заместителем. И в критических условиях провалов начального периода войны, когда многие секретные структуры в органах государственной безопасности были разгромлены, а квалифицированные кадры для проведения оперативно-агентурной работы в тылу врага отсутствовали, П. А. Судоплатов и Н. И. Эйтингон пошли на беспрецедентный шаг, который еще три месяца назад мог стоить им жизни.

«Я и Эйтингон, — вспоминает П. А. Судоплатов, — предложили, чтобы из тюрем были освобождены бывшие сотрудники разведки и госбезопасности. Циничность Берии и простота в решении людских судеб ясно проявились в его реакции на наше предложение. Берию совершенно не интересовало, виновны или невиновны те, кого мы рекомендовали для работы. Он задал один-единственный вопрос:

— Вы уверены, что они нам нужны?

— Совершенно уверен, — ответил я.

— Тогда свяжитесь с Кобуловым, пусть освободит. И немедленно их используйте».

Конечно же в списке был Серебрянский. Но К. К. Квашнин, который в 1941–1943 годах работал бок о бок с Судоплатовым, привносит в чудесную метаморфозу, спасшую жизнь разведчику, новую краску:

«По свидетельству Судоплатова П. А., <…> события развивались так: на срочном совещании в Кремле у Сталина по вопросам мероприятий разведки в сложившейся обстановке, в котором принимал участие и Берия, Сталин вспомнил о Серебрянском и задал вопрос: “А где у вас Серебрянский?” Берия отрапортовал, что тот осужден к расстрелу и сидит в Лефортово. На что якобы Сталин бросил реплику: “Что это у тебя, Лаврентий, творится, идет война, а у тебя разведчики сидят по тюрьмам?” В течение часа Серебрянский был освобожден и доставлен в наркомат на работу. Талантливо, в его стиле он проработал всю войну, очень много сделал в организации активной разведки на оккупированной немцами территории, руководстве партизанским движением».

Согласно постановлению Президиума Верховного Совета СССР от 9 августа 1941 года супруги Серебрянские были амнистированы и освобождены из заключения. Двадцать второго августа 1941 года, рассмотрев ходатайство НКВД, Секретариат Президиума Верховного Совета СССР (протокол № 97) постановил: