О некоторых эпизодах работы Я. И. Серебрянского во время войны рассказывает П. А. Судоплатов:

«К августу 1942 года “Красная капелла” в Берлине, включавшая агентов военной разведки и НКВД, была уничтожена. Но в Германии уцелел ряд важных источников информации и агентов влияния. Некоторые агенты гамбургской группы, созданной Серебрянским и Эйтингоном, не связанные с группой Харнака — Шульце-Бойзена и осевшие в концернах “Фарбен индустри” и “Тиссен” в Гамбургском порту, уцелели и ушли в подполье. <…>

Операцию “Березино” [в 1944 г.] разработал начальник 3-го отдела IV Управления полковник Маклярский, я поддержал идею операции. Планировалась заманчивая радиоигра с немецким Верховным командованием. О ее замысле во исполнение указания Ставки было доложено лично Сталину, Молотову, Берии. Санкция на проведение операции была получена.

Для непосредственного руководства этой операцией в Белоруссию на место событий выехали мой заместитель Эйтингон, Маклярский, Фишер, Серебрянский и Мордвинов».

Весной 1943 года, после отмены 9 февраля прежних специальных званий. в органах госбезопасности была проведена переаттестация сотрудников. Я. И. Серебрянский имел звание старшего майора госбезопасности, такое же, как у П. А. Судоплатова и Н. И. Эйтингона. Он должен был получить звание комиссара госбезопасности, но до июня 1943 года числился в старом звании и ходил без погон. Вероятно, это было связано с тем, что Серебрянский. как приговоренный к расстрелу, вызывал сомнения у ряда руководителей НКВД, а с апреля 1943 года — НКГБ и СМЕРШ. И только через четыре месяца Серебрянскому было присвоено звание полковника.

Шестого ноября 1943 года Я. И. Серебрянский был переведен в особый резерв IV Управления по должности руководителя группы на правах начальника отделения. Он лично подготовил и перебросил в тыл противника несколько оперативных групп и агентов-одиночек, которые успешно справились с возложенными на них задачами. Некоторые начатые им операции еще долгое время будут храниться под грифом «Особой важности».

За заслуги в борьбе с фашистскими захватчиками Я. И. Серебрянский был удостоен орденов Ленина и Красного Знамени, а также медалей «За оборону Москвы», «Партизану Отечественной войны» I степени и «За победу над Германией».

После окончания Великой Отечественной войны Я. И. Серебрянский принял самое активное участие в ряде специальных программ IV Управления НКГБ — МГБ СССР. Одной из известных ныне операций является привлечение к сотрудничеству бывшего начальника Верховного командования ВМФ Германии (OKL) гросс-адмирала Эриха Редера, который, находясь с 1943 года в отставке, в мае 1945-го попал в советский плен. Яков Исаакович выступил в роли немецкого бизнесмена, якобы проживавшего «под домашним арестом» на даче П. А. Судоплатова. Ему удалось убедить Редера, чтобы тот восстановил свои знакомства и связи среди высших политических, военных и промышленных кругов послевоенной Германии. В обмен на это советская сторона гарантировала гросс-адмиралу отсутствие обвинений от СССР как военному преступнику на Нюрнбергском процессе. Подчеркнем, что это было стратегически взаимовыгодное сотрудничество, а не банальная вербовка осведомителя из числа генералитета.