Задержка с выполнением Леоновым приказа, по-видимому, вызвала гнев высшего военного командования. В 17:25 30 августа Василевский приказал Леонову немедленно отправить одну роту с Итурупа на Кунашир для захвата этого острова, а вторую оставить на Итурупе. Данная задача была поручена Брунштейну, который ответил, что до 1 сентября высадить десант на Кунашире будет невозможно. Штаб Тихоокеанского флота, видимо подгоняемый директивами из Москвы, приказал Брунштейну ускорить проведение этой операции насколько возможно, а также собрал в Отомари еще одну десантную группу. 31 августа тральщик ТЩ-590 с ротой морской пехоты в количестве 100 человек вышел из бухты Рубэцу на Итурупе, а одновременно с этим два судна, погрузив на борт 216 солдат под командованием капитана 3-го ранга Виниченко, отплыли из Отомари. Только 1 сентября обе десантные группы встретились у входа в бухту Фурукомапу на Кунашире и начали высаживаться на остров. Как только советские солдаты ступили на берег Кунашира, им навстречу вышли парламентеры, сообщившие Виниченко, что 1250 японских солдат готовы сдаться в плен. Так 1 сентября в течение нескольких часов была завершена оккупация Кунашира[542].

Однако с захватом Кунашира Южно-Курильская операция не закончилась. Советский Союз хотел заполучить еще несколько ценных призов: Шикотан и острова Хабомаи. СССР заявил, что Хабомаи относятся к Малой Курильской гряде, но на самом деле этот архипелаг является продолжением Хоккайдо и явно относился к американской оккупационной зоне. Для занятия Шикотана капитан 3-го ранга Востриков организовал десантную группу, которая на двух судах вышла из Отомари 31 августа и прибыла в бухту Сякотан острова Шикотан 1 сентября. Японский гарнизон в количестве 4800 человек сдался без сопротивления. И здесь первым вопросом, заданным советскими солдатами, был: «Есть ли на этом острове американцы?» [Славинский 1993: 120; Nakayama 1995: 210; Warerano Hopporyodo 1988: 177].

Так еще до формальной капитуляции Японии, произошедшей 2 сентября, Советскому Союзу удалось захватить Итуруп (28 августа), Кунашир (1 сентября) и Шикотан (1 сентября). Однако оккупация островов Хабомаи еще не была завершена. Для того чтобы начать операцию на Хабомаи, командование Тихоокеанского флота решило использовать в качестве базы Кунашир. Крупные десантные силы под командованием капитана 3-го ранга Чичерина погрузились на два судна: «Всеволод Сибирцев» (632 человека) и «Новосибирск» (1847 человек). Эти корабли вышли из Отомари 1 сентября и прибыли в бухту Фурукомапу 3-го числа. Еще один десантный отряд в количестве 1300 солдат под командованием капитана 3-го ранга Успенского также прибыл в Фурукомапу 4 сентября. Но к тому моменту, когда эти группы прибыли на Кунашир, война была уже окончена[543].