Одной из самых крупных репрессий, совершенных в военные годы, была массовая депортация народов. Сама по себе депортация не была для режима чем-то новым. Насильственные переселения больших масс населения начались еще на рубеже 20—30-х гг. в связи с раскулачиванием. Выселение казаков в некоторых районах Северного Кавказа было осуществлено еще раньше. Речь шла, однако, о решении классовых, но не национальных проблем (мнимых или действительных). Выселялась наиболее зажиточная часть населения, в большинстве своем это были русские, украинцы. Переселение целых народов также началось еще до войны. Первыми объектами такой национальной политики стала двухсоттысячная (по другим данным — 180 тыс.) корейская община, которая проживала на Дальнем Востоке. Осенью 1937 г. она была насильственно перевезена в Среднюю Азию и Казахстан. Поводом послужило обвинение в шпионаже в пользу Японии. Эта версия абсурдна. Корея была ее колонией, корейцы видели в японцах своих поработителей. Переселенным корейцам не разрешали служить в армии, даже в годы Отечественной войны. Они были лишены права передвижения. Почти одновременно с ними были высланы в Среднюю Азию курды из Закавказья. После воссоединения с СССР Западной Белоруссии, Западной Украины, Бессарабии такую судьбу разделили сотни тысяч поляков, евреев, украинцев, белорусов, молдаван. Они были переселены в Поволжье, Сибирь, на север Коми АССР, Казахстан. После воссоединения прибалтийских республик несколько десятков тысяч латышей, литовцев, эстонцев было репрессировано и также выслано в восточные районы страны. Накануне войны с Финляндией были высланы несколько тысяч лиц финской национальности.

С началом Отечественной войны пошла новая волна переселений. На сей раз целым народам было объявлено о «коллективном наказании». В Указе Президиума Верховного Совета СССР от 28 августа 1941 г. о ликвидации АССР немцев Поволжья говорилось: «По достоверным данным, полученным военными властями, среди немецкого населения, проживающего в районах Поволжья, имеются тысячи и десятки тысяч диверсантов и шпионов, которые по сигналу, данному из Германии, должны произвести взрывы в районах, заселенных немцами Поволжья». 1,5 млн. немцев, проживающих в республике и других регионах СССР, были депортированы в Киргизию, Казахстан, Сибирь. По некоторым данным, половина их погибла. Известно, что немецкие меньшинства во многих странах Европы были использованы фашистами в их завоевательных походах. Аналогичные планы их разведка имела и в СССР. Однако здесь расчеты в целом подорвались. В СССР сторонников фашизма среди немцев было не больше, чем среди русских или украинцев. Официальное утверждение было ложным. Подавляющее большинство немцев Поволжья вполне лояльно относилось к СССР и было готово защищать его от агрессора. Отождествление немцев и фашистов было ошибочным теоретически, вредным политически. Варварский призыв «Убей немца!» и повальная депортация немцев были явлениями одного порядка.