Подобные репрессии не прекращались и в последующие военные годы. Так, по данным Хрущева, в 1942 г. расстреляли одного генерала «ни за что». 29 апреля 1943 г. Абакумов лично арестовал «как троцкиста» начальника оперативного отдела ВВС Сибирского военного округа генерала Б. Теплинского. Во время войны никаких принципиальных изменений не произошло и в ГУЛАГе. Характерно, что в августе 1941 г. согласно распоряжению Сталина для усиления охраны ГУЛАГа было дополнительно выделено несколько полков.

Никто из историков или мемуаристов не зафиксировал какие-либо «улучшения» противоправной системы принудительного труда политических и уголовных заключенных, спецпереселенцев, трудармейцев, военнопленных. Она была создана еще в предвоенные годы. Через нее прошли миллионы крестьян, рабочих, интеллигентов, советских и партийных работников, священнослужителей, людей различных национальностей. В начале 30-х гг. была развернута огромная сеть исправительно-трудовых лагерей. К концу 30-х гг. система ГУЛАГа расширилась. Это совпало с расширением промышленного строительства и ростом потребности в сырье. Труд заключенных занимал важное место в промышленных планах второй и третьей пятилеток. Как показали Медведев и другие исследователи, на долю ГУЛАГа приходилась значительная часть вывозки древесины, добычи золота, медной руды, олова, угля, а позднее и урановой руды. ГУЛАГ осуществлял строительство каналов, железных дорог, промышленных предприятий в отдаленных районах. Заключенные строили почти все первые объекты атомной промышленности. Во время войны многие предприятия ГУЛАГа были перенацелены на выполнение заданий фронта. Только выпуском боеприпасов стали заниматься 35 промышленных колоний. За три года войны заключенные изготовили более 70 млн. единиц боеприпасов на сумму 1250 млн. рублей.

Одним из первых осудил эту систему Раскольников. Он писал Сталину: «Под видом борьбы «с текучестью рабочей силы», вы отменили свободу труда, закабалили советских рабочих и прикрепили их к фабрикам и заводам. Вы разрушили хозяйственный механизм страны, дезорганизовали промышленность и транспорт». И далее. «Сделав невозможной нормальную работу, вы под видом борьбы с «прогулами» и «опозданиями» трудящихся заставляете их работать бичами и скорпионами жестких антипролетарских декретов. Ваши бесчеловечные репрессии делают нестерпимой жизнь советских трудящихся, которых за малейшую провинность с волчьим паспортом увольняют с работы и выгоняют с квартиры».

В недавно опубликованных многочисленных воспоминаниях людей, прошедших лагеря и спецпоселения, отражена сплошная картина полуголодного существования, бесконечных унижений, болезней и гибели. Особенно высокой была смертность на рудниках Колымы, лесоповале, урановых рудниках. Очень многие скончались от голода и болезней в 1941–1942 гг., когда снабжение продовольствием резко сократилось, а рабочий день резко увеличился. Всего за годы войны ГУЛАГ, по официальным данным, потерял более 620 тыс. человек. В книге же «Смертная казнь: За и против» (1989) общее число незаконно расстрелянных и замученных во время принудительного труда оценивается как «около 20 млн.», причем авторы не считают это число полным. Определенная часть контингента ГУЛАГа была призвана в Вооруженные Силы. За первые три года войны получили возможность воевать с фашистами 975 тыс. бывших заключенных. Едва ли в этом нашла свое выражение какая-то прогрессивная эволюция в представлениях Сталина и его приближенных. Речь шла о том, чтобы избавиться от эвакуации заключенных из районов, которым угрожала оккупация, а также о пополнении действующей армии. Согласно указу Президиума Верховного Совета СССР от 12 июля 1941 г. освобождались осужденные за самовольный уход с предприятий, прогулы и опоздания на работу, мелкие кражи и хулиганство. По указу 24 ноября освобождались бывшие военнослужащие, осужденные за несвоевременную явку в часть и незначительные должностные преступления, а также имевшие остаток срока наказания до трех лет, кроме осужденных за контрреволюционные преступления.