Политические убийства не прекращались и во время войны. Не случайно, ученые, специально изучавшие дело, пришли к выводу о «сталинских репрессиях 30—40-х — начала 50-х гг.». В годы войны они изменились в какой-то мере по форме, но не уступали предвоенным по масштабам, жестокости, бессмысленности. Историки, разделяющие мысль об изменениях к лучшему сталинского режима в военные годы, могут сослаться и на такие авторитеты, как Д. Устинов, Н. Хрущев. По мнению последнего, Сталина, «видимо, во время войны сама жизнь вынудила сдерживать свой гнев, нацеленный на аресты и уничтожение людей». Автор имел в виду, по всей вероятности, репрессии против командующих фронтами. В целом же сохранилось все обычное для сталинизма. Вспомним арест в начале войны К. Мерецкова, Б. Ванникова, Я. Смушкевича, Г. Штерна, П. Рычагова и других крупных деятелей Вооруженных Сил и оборонной промышленности. Это осуществлялось исключительно с ведома Сталина. По злой иронии судьбы Ванников, например, по заданию самого Сталина, сидя в камере, писал соображения о развитии вооружения. Части узников удалось спастись, большинство же было казнено. Большая группа была убита 28 октября 1941 г., в самые горячие дни Московской битвы.

Одной из первых репрессий военных лет было «дело» Д. Павлова и других руководителей Западного фронта. Нельзя принять позицию Стаднюка в его переписке с Самсоновым. Во всех изданиях романа «Война» судьба Павлова и его соратников освещается односторонне. В своем «открытом письме» 1987 г., уже не связанный спецификой жанра и политической конъюнктурой 1975 г., когда увидело свет первое издание его романа, автор, как и прежде, обошел молчанием нравственную сторону вопроса, отвечая лишь, что генералы, возглавляемые Западный фронт, «могли бы принести немало пользы». Но писатель мог бы отметить, что главную ответственность за инкриминированные Павлову и его соратникам действия несут Сталин, Тимошенко, Жуков и другие руководители Красной Армии, что расстрел Павлова служил им оправданием в глазах общественного мнения и отнюдь не улучшал морального климата в армии. Приведенный в письме «диалог Сталина и Шапошникова» отнюдь не позволяет понять «позицию автора романа», но подтверждает обеспокоенность Сталина по поводу мнения военных специалистов о судьбе Павлова. Автор письма без объяснений отмечает неподготовленность Павлова к выполнению обязанностей командующего. Но генерал был назначен на эту должность вследствие того, что большинство военных кадров высшего звена было истреблено. Крайне противоречиво оценивает Стаднюк Мех-лиса, сыгравшего особо одиозную роль.