Инструментом для переплавления вымученных из городского бюджета средств в политические проекты стал холдинг АФК «Система», возглавляемый Евтушенковым, который много лет по совместительству руководил всеми научными исследованиями в городе. АФК «Система» настолько развернулась, что стала подминать одно за другим мощные частные предприятия и раскинула свою сеть по важнейшим регионам России. Евтушенков смог потеснить даже таких непотопляемых монстров в московском правительстве, как Ресин, Орджоникидзе, Шанцев. Один из них даже инспирировал несколько ругательных публикаций в адрес «Системы», но на этом все и кончилось. Орджоникидзе был расстрелян киллером и едва выжил, Шанцев подорван и тоже едва выжил. После этого их жизнь стала скромнее, амбиции неприметнее.

«Система» практически накрыла своим прямым влиянием ключевые сферы хозяйства города, которые до сих пор были вне монопольного контроля ближайших соратников Лужкова: машиностроение, пищевую и легкую промышленность. «Система» получила усиление за счет федеральной программы превращения столицы в центр высокотехнологичных производств и науки, принятие которой Лужков пытался протолкнуть через федеральные органы. Проталкивание дало побочные, но достаточно впечатляющие результаты. В 1996 году «Системе» удалось получить в трастовое управление контрольные пакеты акций ряда совместных предприятий, принадлежавшие Московской городской телефонной сети. Позднее были прибраны к рукам ряд предприятий электронной промышленности в Зеленограде, которым удалось при этом спихнуть в школы, ПТУ и разного рода учебные центры устаревшее компьютерное оборудование.

«Система» через свои дочерние предприятия получила льготы по налогам в городской бюджет и особые преимущества пред конкурентами. Именно в период 1992–1996 гг. Евтушенков концентрировал в своих руках денежные ресурсы, расплачиваясь с партнерами широкой раздачей кредитов под символические проценты. По оценкам экспертов, в конце концов Евтушенков стал совладельцем более сотни предприятий в разных регионах России.

За 4 года активы «Системы» выросли в 25 раз и достигли 3–4 млрд долларов, оборот составил 1 млрд долларов (по другим оценкам — 400 млн) в год, балансовая прибыль в 1997 году — 266 млн долларов. «Система» поглощала все, что могло приносить доход — «Интурист», «Детский мир», «Мобильные телесистемы», бензиновый рынок («МК», 01.12.98).

Для выполнения задачи захвата территории уже не только в административном порядке, но и превращения ее в частное владение, было необходимо создать свой медиа-холдинг, чтобы все было «как у людей». АФК сгребла малочитаемую, но бесхозную «Литературную газету», реанимировала (хоть и в убогом виде) газету «Россия», создала бесплатную газету «Метро», живущую на рекламе. Планировалось дополнить лужковскую телекомпанию «ТВ-Центр» еще и созданием сети платного телевидения, охватывающего 70 % территории страны (на что выделялось около 400 млн долларов).