Через час езды он был доставлен на специально подготовленную конспиративную квартиру, с его головы сняли мешок, но прикрутили за руки и ноги к кровати. Прежде всего агенты решили еще раз убедиться, что взяли именно того человека. Они знали его эсэсовский номер, который вытатуировывался всем членам этой организации под мышкой. Но у него на этом месте был только шрам. Правда, он тут же назвал свой номер и признался, что сделал операцию для его уничтожения.
На конспиративной квартире Эйхмана продержали неделю. Этот маленький, немолодой уже мужчина вел себя угодливо, заискивающе, и с трудом верилось охраняющим его израильтянам, что он — виновник гибели миллионов их соплеменников. Больше всего Эйхман боялся, что его расстреляют на месте или отравят. Но и тем, кто его сторожил, нелегко было с ним рядом. Ведь у каждого из них по вине Эйхмана были уничтожены самые близкие родственники, самые дорогие друзья. И они, эти закаленные бойцы-разведчики, люди со стальными нервами, сейчас с трудом удерживались от страстного желания своими руками разделаться с величайшим палачом.
Вывоз Эйхмана был назначен через 9 дней после его захвата, на самолете израильской компании «Эл-Ал». Для того чтобы вывезти его незамеченным, специально положили в местную больницу сотрудника МОССАДа, и по выписке в его свидетельство о болезни вписали данные Эйхмана и вклеили его фотографию. Самому же Эйхману перед посадкой в самолет сделали укол мощных средств, притупляющих чувства, он почти не воспринимал окружающее, мог лишь идти, поддерживаемый с двух сторон. Под руки его ввели в салон и усадили между двумя агентами. Последовал 22-часовой перелет. После приземления Исер Харел немедленно отправился к премьер-министру. Начальник МОССАДа был совершенно невосприимчив к юмору, но тут, первый раз за время знакомства с Бен-Гурионом, он позволил себе пошутить. Харел улыбнулся и сказал: «Я привез тебе маленький подарок». И Бен-Гурион понял своего отважного разведчика, обнял и поцеловал его.
Другой крупной операцией, спланированной Харелом и проведенной под его руководством, был угон новейшего по тем временам советского истребителя МиГ-21, совершенный в августе 1966 года. Этот самолет был в числе других, однотипных, поставленных в середине 60-х годов военно-воздушным силам Египта, Сирии и Ирака. Поэтому и было так важно знать его тактико-технические характеристики пилотам израильских ВВС, которые могли столкнуться с этой машиной в боях назревающей войны.
Разведчики МОССАДа опробовали множество способов: подкуп, кражу самолета, внедрение своего агента на авиабазу, но успеха не имели. Тогда Исер решил склонить одного из арабских пилотов-христиан к угону самолета. К такому решению он пришел потому, что располагал подробнейшей информацией о всех пилотах Сирии, Египта и Ирака. Исер решил, что больше всего подходит кандидатура одного из пилотов-маронитов иракских ВВС. На выполнение этого задания была нацелена одна из лучших женщин-агентов, действовавшая в Ираке. Она родилась в Нью-Йорке, имела американский паспорт и работала вполне легально в Багдаде. Очаровательная блондинка внешне, она была очень мужественной и умелой в агентурной работе, свободно владела арабским языком и, вращаясь в офицерской среде, познакомилась со многими пилотами.