Он зарекомендовал себя как весьма образованный и умный бизнесмен, богатый и щедрый араб, к тому же — горячий сирийский патриот. Уже в Буэнос-Айресе Коген проявил подлинное политическое чутье, став сторонником политической партии БААС. И когда он собрался в Дамаск, то получил множество рекомендательных писем к влиятельным лицам в этом городе, адреса и телефонные номера друзей и родственников своих аргентинских знакомых. По дороге в Сирию Эли побывал в Израиле, получил последние инструкции, портативную радиоаппаратуру, повидался с семьей и в начале 1962 года через Бейрут прибыл в Дамаск.

В сирийской столице он подыскал себе комфортабельную и удобную, в смысле расположения, квартиру на верхнем этаже высотного дома, расположенного прямо против здания Генерального штаба. Коген основал экспортно-импортную фирму, поставлявшую в Европу сирийскую антикварную мебель. Ее он, кстати, использовал для тайников, куда помещал микрофильмы своих донесений.

Используя рекомендательные письма и коммерческие связи, Эли уже вскоре стал своим человеком во влиятельных кругах Дамаска, среди которых были и видные военные. Он подружился с племянником начальника Генерального штаба Абдулы Эль-Дина, лейтенантом Маази Эль-Дином, с диктором правительственного радио Джорджем Сейфом, с командиром парашютно-десантного полка полковником Салимом Хатумом. Их разговоры между собой и доверительные беседы, которые они, считая его убежденным баасистом, вели с Когеном, давали ему обильный материал о положении в армии и стране. Он анализировал полученные данные и самое важное немедленно передавал по радио в Тель-Авив. Он систематически следил за ритмом работы Генштаба и тотчас замечал сбои и ускорения. Так однажды, заметив, что в Генштабе стали работать круглосуточно, он сопоставил это с имеющимися сведениями о подготовке войск и сумел предупредить своих о готовящейся крупномасштабной операции в районе Тивериадского озера. Израильтяне пресекли ее, нанеся комбинированный превентивный удар по сирийской военной базе в Нухайбе.

Коген снабжал руководство МОССАДа не только военными, но и оперативными данными политического характера, сведениями о состоянии экономики стран региона, на основании которых правительство Израиля принимало важные стратегические решения. Периодически Эли приезжал в родную страну, навещал семью и подробно докладывал руководству результаты своих наблюдений. Эли обладал уникальной фотографической памятью, ему достаточно было взглянуть на карту, схему или чертеж, чтобы запомнить основное содержание и многие детали. Такие поездки, встречи с руководством разведки существенно дополняли данные, переданные им по радио и в микрофильмах, а сам Эли получал дополнительный заряд бодрости и мужества.