Естественно, что кроме проблем, напрямую не относящихся к теологии, схоласты подвергали анализу и собственно теологические проблемы. Христианские писатели комментировали Библию и другие духовные произведения, начиная с IV века. В XIII столетии в подходе к изучению религиозных трактатов возникло нечто новое. Это новое можно определить как интерес к абстрактному доказательству, к привлечению логики Аристотеля при обсуждении теологических положений. Как всегда, не очень понятно, что здесь первично, а что вторично. Проснувшийся ли интерес к абстрактному мышлению заставил схоластов обратиться к Аристотелю как к одному из авторитетов, или вновь открытые работы Аристотеля подвигнули умы на новое осмысление старых проблем.

Вопросы, которые больше всего волновали схоластов, касались соотношения веры и разума. Эти вопросы вполне можно переформулировать безотносительно к вероисповеданию: можно ли доказать существование Бога? В чём суть озарений? Как относиться к пророчествам? Всё ли предопределено Богом в судьбе человека, или человеку оставлена некая свобода?

Многие из проблем были спровоцированы работами Аристотеля. Его доктрина о вечности и несозданности мира стала вызовом для трёх религий – христианства, иудаизма и ислама, так как противоречила первым же страницам Библии и Корана. Учение Аристотеля о вечности и самодостаточности мира невозможно было отбросить. Очень упрощённо вопрос стоял так: может быть, Аристотель прав со своим вечным двигателем? Для верующих наибольшую опасность представляло не само новое мнение, а возможность усомниться в, казалось бы, непогрешимой старой истине.

Можно ещё указать на проблему души, смущавшую теологов. Аристотель определил душу как нечто, что даёт жизнь телу. По-гречески душа – «anima». От этого слова происходит слово animation – «оживление». По учению Аристотеля душа, по крайней мере, у животных возникает из внутренних причин. («О строении животных» De partibus animalium, i. I; 641b 12.) Аристотель учил, что память и любовь должны исчезнуть с исчезновением тела и только ум как нечто божественное разрушить нельзя. (De anima 43 0 a17-23.) Аверроэс, опиравшийся в своём учении на работы Аристотеля, а всед за ним и его последователи учили, что душа, будучи неповторимой и у каждого человека своей, смертна; бессмертие принадлежит только разуму, который один для всех разумных существ. Для смертной души и бессмертного ума нет Страшного суда и такие рассуждения неприемлемы в христианской религии.

Внимательно изучая учение Аристотеля, христиане, мусульмане и иудеи были вынуждены пересмотреть позиции по вопросу соотношения разума и веры. Заодно им пришлось заняться вопросами чувственного восприятия и психологии.