После работы в комиссии Фома Аквинский вернулся в Италию. Он провёл два года в Ананьи в конце правления папы Александра IV и четыре года в Орвьето при дворе папы Урбана IV. В Орвьето Фома работал с выдающимся переводчиком Виллемом из Мёрбеке. Фламандский доминиканец Виллем из Мёрбеке учился у Альберта Великого и в 1260 году путешествовал в доминиканские центры в Никее и греческих Фивах, основанных во время крестовых походов. Там он выучил греческий язык. По возвращении в Италию Виллем проживал при папских резиденциях. Под патронажем папы Урбана IV Виллем из Мёрбеке занимался переводом работ Аристотеля и других авторов на латынь непосредственно с греческого языка. Ссылаясь на неадекватность арабских переводов, учение Аристотеля то запрещали, то опять разрешали преподавать в Париже. Работы Виллема из Мёрбеке восполнили пробел в прямых переводах с греческого и постепенно вытеснили все ранее употреблявшиеся переводы. Они считались образцовыми вплоть до XVII века. Аквинский писал комментарии к двенадцати работам Аристотеля, пользуясь исключительно переводами Виллема из Мёрбеке.

С 1265 по 1267 год Фома Аквинский преподавал в Риме в доминиканском монастыре Санта Сабина. Ему было поручено организовать доминиканскую высшую школу в Риме. Для этой школы Фома Аквинский писал свой главный труд «Сумма теологии».

В 1268 году руководство ордена отправило Фому Аквинского в Париж защищать позицию ордена в очередном споре, разгоревшемся в университете.

В 1270 году епископ Парижа Этьен Тампье объявил еретическими тринадцать утверждений, касающихся католической веры. Первый пункт касался существования единого всемирного разума. Тампье также проклял отрицание свободы воли человека и утверждение о вечности мира. Он осудил утверждение о смертности человеческой души, отрицание существования первого человека, а также ряд положений, ограничивающих всемогущество и всезнание Бога. Однако разрушительное влияние идей Аристотеля остановлено не было. Аквинский был среди тех немногих, кто пытался опровергнуть их не запретами, а рассуждениями, чем, в свою очередь, вызвал недовольство некоторых религиозных деятелей.

Возможно, этим недовольством объясняется неоднозначное восприятие современниками Аквинского его работ, в том числе и главного труда – «Суммы теологии». Учебником теологии в европейских университетах служила работа теолога XII века Петра Ломбардского «Четыре книги Сентенций». Сам Петр Ломбардский почерпнул большую часть своих рассуждений из работ Августина. По ясности и логичности изложения эта книга превосходила все прочие суммы, написанные в XII веке, и в следующем веке не было крупного теолога, который не написал бы к ней комментарии. Предполагалось, что «Сумма теологии» Фомы Аквинского заменит существующий учебник.