Когда Фоме исполнилось пять лет, родители отдали его в знаменитый бенедиктинский монастырь Монте Кассино. Брат отца был аббатом монастыря, и семья надеялась, что когда-нибудь Фома займёт этот пост. Пребывание в монастырях предполагалось пожизненным, но в 14 лет Фома неожиданно получил свободу. В 1239 году из-за войны императора c папой римским монастырь Монте Кассино на некоторое время был закрыт. Фому отправили в университет Неаполя. Он проучился в университете шесть лет, и после этого уже ничто не могло заставить Фому вернуться обратно в Монте Кассино. В Неаполе, несмотря на сопротивление семьи, он стал доминиканцем.

В 1245 году Фома приехал в Париж, в доминиканский монастырь Сан Жака.

Там он изучал работы Аристотеля, хотя, возможно, с некоторыми из трудов философа он познакомился ещё в Неаполе, где запрета на преподавание Аристотеля не было.

Летом 1248 года Фома вместе с Альбертом Великим направился в Кёльн и официально стал его учеником. По рекомендации Альберта Великого в 1452 году орден послал Фому Аквинского в Париж для получения учёной степени.

В 1254 году в Парижском университете разгорелся конфликт между светскими профессорами и преподавателями – членами религиозных орденов. Конфликт был шумным и долгим. В него были втянуты студенты, преподаватели, городские власти, доминиканцы, францисканцы, а также папа римский и король Франции Людовик Святой. Университетские власти пытались запретить нищенствующим орденам преподавание в Парижском университете, и потребовалось вмешательство папы римского, чтобы Фома Аквинский смог читать лекции.

Начиная с 1256 года, биографические сведения о Фоме Аквинском крайне обрывочны. Виною тому бурные события, взбудоражившие весь католический мир. В Италии продолжалась война пап с императором Фредериком II, а после смерти императора с его наследниками. Сам Фредерик II благополучно умер, и все бедствия достались его сыну Манфреду и внуку Конрадину.

Удручающее впечатление на самосознание католиков произвёл захват в 1261 году Константинополя императором Никеи Михаилом VIII Палеологом, положив тем самым конец Латинской империи. Михаил VIII провозгласил себя Византийским императором. Династия Палеологов правила до падения Константинополя в 1453 году.

В 1259 году Фома Аквинский вместе с Альбертом Великим участвовал в комиссии по составлению программы образования доминиканцев. Сохранилась программа обучения доминиканцев высшей школы в Римской провинции, где преподавал Фома Аквинский. Трёхлетний курс обучения включал в себя работы Аристотеля – «Метафизику», «Физику», «О душе», «О небе» и другие работы философа, а также «Книгу причин».