Репутации Абано как мага способствовала ещё одна его книга. Он написал трактат «О ядах и противоядиях» (De venenis eorumque remediis). Как следует из текста, Абано посвятил книгу кому-то из пап, возможно, Иоанну XXII. Если это так, то он написал эту книгу в самом конце жизни, но, как уже говорилось, в биографии Абано очень трудно установить хронологию событий.

Искусство отравления, если так можно назвать этот род деятельности, долго считалось частью магии, в частности из-за того, что верили в возможность отравления на расстоянии. В книге Абано перечислены все известные яды, их симптомы и противоядия. Абано считал, что отравление может подействовать на любой орган чувств. Можно, например, отравиться запахом. Человека может парализовать от прикосновения какой-нибудь рыбы. Пьетро приводит пример змеи, обитающей в Нубии, которая убивает птиц своим шипением. В качестве примера убийства взглядом Пьетро приводит пример василиска.

Пьетро Абано испытывал большое затруднение в объяснении, как действуют яды на человека. Он сам понимал, что объяснение механизма отравления избытком одного из четырёх элементов или неблагоприятным расположением звёзд не является исчерпывающим. Он заметил, что действие ядов сходно с действием лекарств и предположил, что медицинское искусство возникло из наблюдений за действием ядов.

Вместе с давно известным промыванием желудка и некоторых других методов противоядий, Пьетро рассказывает и о предохраняющих от ядов драгоценных камнях, которые носят в кольцах на руке.

Последние темы, которые обсуждаются в книге Абано, это можно ли заказать момент смерти и существует ли единое противоядие. Сам Пьетро склонен верить, что каждому яду всё-таки соответствует свое противоядие.

Существует рассказ о втором суде инквизиции над Абано, начавшемся незадолго до его смерти. По одной из легенд, падуанский профессор успел умереть (1315/1316) до окончания второго суда, который признал его виновным. Было вынесено решение откопать труп Абано и сжечь его. Друг Абано якобы выкрал и тайно перезахоронил труп. Инквизиции пришлось удовольствоваться публичной оглаской приговора и сожжением чучела врача-еретика.

Был ли второй суд инквизиции, оправдали ли Абано во второй раз, мы пока не знаем. Вероятнее всего, произошло какое-то смешение истории про суд в Париже и более поздних легенд. Хотя слежка инквизиторов за Абано продолжалась в течение всей его жизни, второго суда, судя по всему, не было. Иначе как объяснить, что суд над доктором проходил одновременно с работой Джотто над увековечением астрологического проекта Пьетро Абано. Более того, фрески в общественном здании благополучно пережили приговор инквизиции. В те времена к обвинениям в ереси относились очень серьёзно. Обвиняемому грозило лишение имущества и прочие неприятности. Могли и на костре сжечь за колдовство. Тем не менее, Абано был очень знаменит, и его слава держалась долго. В XV веке его трактаты были среди первых напечатанных книг.